| MirGeneDB ID | Llo-Mir-10-P5a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-10 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Bootlace worm (Lineus longissimus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Llo-Mir-10-P1 Llo-Mir-10-P2 Llo-Mir-10-P3 Llo-Mir-10-P4-v1 Llo-Mir-10-P5a-v1 Llo-Mir-10-P5b-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Adi-Mir-10 Agr-Mir-10-P5 Asp-Mir-10 Cte-Mir-10-P5 Eba-Mir-10-P5 Efe-Mir-10-P5a Hru-Mir-10-P5 Lgi-Mir-10-P5 Lhy-Mir-10-P5 Mgi-Mir-10-P5 Mom-Mir-10-P5 Nve-Mir-10 Ofu-Mir-10-P5 Pau-Mir-10-P5 Pdu-Mir-10-P5 Pve-Mir-10-P5 Rph-Mir-10-P5 Snu-Mir-10-P5 War-Mir-10-P5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Lineidae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eumetazoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_910592395.2_tnLinLong1) |
OU343004.1: 3860986-3861041 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-10-P5a-v2) |
Mir-10-P5a-v1
OU343004.1: 3860985-3861042 [+]
Ensembl
Mir-10-P5a-v2 OU343004.1: 3860986-3861041 [+] Ensembl |
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| Variant | Llo-Mir-10-P5a-v2 |
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| Seed | ACCCUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCAUUCCAGUUUAGAUCGAUAGACUGCCUAUACCCUGUAGAACCGAGCGAGUGAUAAACUGACCACCACUCGUUUCUCAGGGUACAUGUAAGCUGUUGAACACAUCAUUACCACAGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GCAUUCCAGUUUAGAUC--| AC CUA U CCGA GAUAAAC GAUAG UGC UACCCUG AGAA GCGAGU \ UUGUC AUG AUGGGAC UCUU UGCUCA U GACACCAUUACUACACAAG^ GA UAC - ---- CCACCAG 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Llo-Mir-10-P5a-v2_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UACCCUGUAGAACCGAGCGAGU -22
Get sequence
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| Star sequence | Llo-Mir-10-P5a-v2_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- CCACUCGUUUCUCAGGGUACA -56
Get sequence
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| Variant | Llo-Mir-10-P5a-v1 |
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| Seed | UACCCUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CGCAUUCCAGUUUAGAUCGAUAGACUGCCUAUACCCUGUAGAACCGAGCGAGUGAUAAACUGACCACCACUCGUUUCUCAGGGUACAUGUAAGCUGUUGAACACAUCAUUACCACAGAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CGCAUUCCAGUUUAGAU--| AC CUA U CCGA GAUAAAC CGAUAG UGC UACCCUG AGAA GCGAGU \ GUUGUC AUG AUGGGAC UCUU UGCUCA U AGACACCAUUACUACACAA^ GA UAC - ---- CCACCAG 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Llo-Mir-10-P5a-v1_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AUACCCUGUAGAACCGAGCGAGU -23
Get sequence
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| Star sequence | Llo-Mir-10-P5a-v1_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- CCACUCGUUUCUCAGGGUACAU -58
Get sequence
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