MirGeneDB ID | Lhy-Mir-92-o105 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-92 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Laevipilina (Monoplacophora) (Laevipilina hyalina) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Lhy-Mir-92-o103 Lhy-Mir-92-o104 Lhy-Mir-92-o106 Lhy-Mir-92-o107 Lhy-Mir-92-o108 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Asu-Mir-92 Cel-Mir-92 Esc-Mir-92 Gsp-Mir-92 Hmi-Mir-92 Isc-Mir-92 Obi-Mir-92 Sme-Mir-92 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | L. hyalina | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Mono_atcgn_nospaces) |
scaffold524705__9.6: 199-257 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AUUGCAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGCUCCUGGAUUUGAUUGUAAUCUUCAUGGCGGUCGUGACUUGUGCAAUGCCGUUGUUAUUUAUAGGUAUUGCACUUGUCCCGGCCUAUAUGAGGCAGCAGUGCGUCGGCUCUACAAGCGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 UGCUCCUGGAUUUGAUU---| AAU GC U UU GUUGUU GU CUUCAUG GGUCG GAC GUGCAAUGCC \ CG GGAGUAU CCGGC CUG CACGUUAUGG A CGAACAUCUCGGCUGCGUGA^ AC- AU C UU AUAUUU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | It is not clear either from phylogenetic or syntenic information how many Mir-92 genes were present in the last common ancestor of bilaterians and how the vertebrate Mir-92s relate to the invertebrate Mir-92s and thus these multiple paralogues in invertebrates are classified here as oLhyans pending additional data. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Lhy-Mir-92-o105_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CGGUCGUGACUUGUGCAAUGCC -22
Get sequence
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Mature sequence | Lhy-Mir-92-o105_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- UAUUGCACUUGUCCCGGCCUAU -59
Get sequence
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