MirGeneDB ID | Lan-Mir-2-o103 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Lingula (Lingula anatina) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Lan-Mir-2-o100 Lan-Mir-2-o101a Lan-Mir-2-o101b Lan-Mir-2-o102 Lan-Mir-2-o104 Lan-Mir-2-o105 Lan-Mir-2-o106a Lan-Mir-2-o106b Lan-Mir-2-o107 Lan-Mir-2-o108 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Gsp-Mir-2 Ple-Mir-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | L. anatina | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (LinAna_1.0) |
LFEI01000397: 182869-182928 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AUCACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGAGUGAAGAUUGCGAUUGCUGAGCUGAGUUUGUCAAAGUGGCUGUGAUUUGGUUGAAAUUAACGCAUAUCACAGCCCGCUUUGACGAGCUUACGGCAACACGACACAACCAGCUAAGCUGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 UGAGUGAAGAUUGCGAU-----| AGC - U GUUGAA UGCUG UGAGUUUGUCAAAGUGG CUGUGAU UG \ ACGGC AUUCGAGCAGUUUCGCC GACACUA AC A UCGAAUCGACCAACACAGCACA^ --- C U GCAAUU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | It is not clear either from phylogenetic or syntenic information how many Mir-2 genes were present in the last common ancestor of protostomes and how the multiple paralogues in lophotrochozoans relate to the four Mir-2 genes in arthropods. Thus all lophotrochozoan genes aside from Mir-2-P12 are classified as orphans pending further data and analysis. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Lan-Mir-2-o103_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UUGUCAAAGUGGCUGUGAUUUG -22
Get sequence
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Mature sequence | Lan-Mir-2-o103_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- UAUCACAGCCCGCUUUGACGAGC -60
Get sequence
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