MirGeneDB ID | Laf-Mir-6715 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-6715 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | African bush elephant (Loxodonta africana) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-6715 Cfa-Mir-6715 Cja-Mir-6715 Cpo-Mir-6715 Eca-Mir-6715 Ete-Mir-6715 Hsa-Mir-6715 Mml-Mir-6715 Mmr-Mir-6715 Mmu-Mir-6715 Ocu-Mir-6715 Pab-Mir-6715 Rno-Mir-6715 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_000001905.1_Loxafr3.0) |
GL010037.1: 6782074-6782129 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CAGGCAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AUGGUUUGUGUCCACUCCUGGGCUGUGUCCACAGGCACAGCGGGUUCGAGCAUUUGACUGAAUUGCCAAACCAGUUGUUCCUGUAGCCACAGCCUUUACCUGCUCCUGAGUCCUCCGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 AUGGUUUGUGUCCACUCCU--| UCC C G CGA UUUGA GGGCUGUG ACAGG ACAGC GGUU GCA \ UCCGACAC UGUCC UGUUG CCAA CGU C CCUCCUGAGUCCUCGUCCAUU^ CGA U A AC- UAAGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Laf-Mir-6715_5p (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- ACAGGCACAGCGGGUUCGAGCA -22
Get sequence
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Co-mature sequence | Laf-Mir-6715_3p (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
35- CCAAACCAGUUGUUCCUGUAG -56
Get sequence
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