MirGeneDB ID | Laf-Mir-296 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-296 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | African bush elephant (Loxodonta africana) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-296 Cfa-Mir-296 Cja-Mir-296 Cpo-Mir-296 Dno-Mir-296 Eca-Mir-296 Hsa-Mir-296 Mml-Mir-296 Mmr-Mir-296 Mmu-Mir-296 Pab-Mir-296 Rno-Mir-296 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_000001905.1_Loxafr3.0) |
GL010102.1: 9496051-9496106 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GGGCCCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGACAAUGACCAAAAGAAGGACCCUUCUGGAGGGCCCCCCCUCAAUCCUGUUGUGCCUGAUUCAGAGGGUUGGGUGGAGGCUUUCCUGAAGGGCUCUGAGGAACACGCUCCCCAGGGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 AGACAAUGACCAAAAGA--| GA U C C GUUGUGC AG CCCUUC GGAGGGCC CC CUCAAUCCU C UC GGGAAG CCUUUCGG GG GGGUUGGGA U GGACCCCUCGCACAAGGAG^ UC U A U GACUUAG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Laf-Mir-296_5p (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGGGCCCCCCCUCAAUCCUGU -21
Get sequence
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Star sequence | Laf-Mir-296_3p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
35- AGGGUUGGGUGGAGGCUUUCC -56
Get sequence
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