MirGeneDB ID | Cfa-Mir-296 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-296 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-296 Cja-Mir-296 Cpo-Mir-296 Dno-Mir-296 Eca-Mir-296 Hsa-Mir-296 Laf-Mir-296 Mml-Mir-296 Mmr-Mir-296 Mmu-Mir-296 Pab-Mir-296 Rno-Mir-296 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (canFam3_add) |
chr24: 43570199-43570253 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GGGCACC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGUGAUAAUGAAGAUGAAGGGCUCUUCCGGAGGGCACCCCCCAAUCCUGUUGUGCUGGAUUCAGAGGGUUGGGUGGAGGCUUUCCUGAAGGGCUGGAGGAGCGCUGCGCCCACGGGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 GGUGAUAAUGAAGAUGAAG-- C AC -| GUUGUGC GGCUCUUC GGAGGGC CC CCCAAUCCU U UCGGGAAG CCUUUCG GG GGGUUGGGA G GGCACCCGCGUCGCGAGGAGG U GA U^ GACUUAG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Cfa-Mir-296_5p (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGGGCACCCCCCAAUCCUGU -20
Get sequence
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Star sequence | Cfa-Mir-296_3p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
34- AGGGUUGGGUGGAGGCUUUCC -55
Get sequence
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