| MirGeneDB ID | Hru-Mir-2-o54 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Red Abalone (Haliotis rufescens) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Hru-Mir-2-o51 Hru-Mir-2-o52 Hru-Mir-2-o53 Hru-Mir-2-o55 Hru-Mir-2-P12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Gsp-Mir-2 Ple-Mir-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | H. rufescens | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_023055435.1_xgHalRufe1.0.p_genomic_plus_traces) |
JALGQA010000019.1: 17034273-17034331 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2-o54) |
Mir-71
JALGQA010000019.1: 17032907-17032964 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-2-o55 JALGQA010000019.1: 17033087-17033148 [+] UCSC Ensembl Mir-2-P12 JALGQA010000019.1: 17033706-17033763 [+] UCSC Ensembl Mir-2-o51 JALGQA010000019.1: 17033823-17033880 [+] UCSC Ensembl Mir-2-o52 JALGQA010000019.1: 17033972-17034029 [+] UCSC Ensembl Mir-2-o53 JALGQA010000019.1: 17034102-17034159 [+] UCSC Ensembl Mir-2-o54 JALGQA010000019.1: 17034273-17034331 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | AUCACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CGAGUCCCAGAGGCAAAAGUGCUGUCUCUUCCAUCAAAGUGGUUGGGAUGUGGUGACUUGGUUUCAUAUCACAGCCAGCUUUGAUGACAGAGAUGCAUUCACUGAACAUCAAUGACAACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CGAGUCCCAGAGGCAAA---| U UC - G GUGAC AGUGC GUCUCU CAUCAAAG UGGUUG GAUGUG U UUACG UAGAGA GUAGUUUC ACCGAC CUAUAC U CAACAGUAACUACAAGUCAC^ - CA G A UUUGG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | It is not clear either from phylogenetic or syntenic information how many Mir-2 genes were present in the last common ancestor of protostomes and how the multiple paralogues in lophotrochozoans relate to the four Mir-2 genes in arthropods. Thus all lophotrochozoan genes aside from Mir-2-P12 are classified as orphans pending further data and analysis. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Hru-Mir-2-o54_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCAUCAAAGUGGUUGGGAUGUG -22
Get sequence
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| Mature sequence | Hru-Mir-2-o54_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- UAUCACAGCCAGCUUUGAUGACA -59
Get sequence
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