MirGeneDB ID | Hme-Novel-5-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | HME-NOVEL-5 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Longwing butterfly (Heliconius melpomene) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Hme-Novel-5-P1 Hme-Novel-5-P3a Hme-Novel-5-P3b Hme-Novel-5-P4 Hme-Novel-5-P5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | H. melpomene | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | H. melpomene | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Hmel_1) |
HE671980: 160796-160851 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Novel-5-P2) |
Novel-5-P5
HE671980: 159936-159991 [-]
Ensembl
Novel-5-P4 HE671980: 160228-160283 [-] Ensembl Novel-5-P3b HE671980: 160418-160473 [-] Ensembl Novel-5-P3a HE671980: 160606-160661 [-] Ensembl Novel-5-P2 HE671980: 160796-160851 [-] Ensembl Novel-5-P1 HE671980: 160985-161040 [-] Ensembl |
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Seed | UUGCCUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UAAGUGAAAUCUUUGAUGUGACGGCAGAUGGGAGACUACCUAAUUGCAAAGUGUAUCUAUCGACUUUGCCUUUAGUUAGUUUCCGGUCUUUCAGUGCACAUGUCUACAGGAUAAAGGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 UAAGUGAAAUCUUUGAU--| AC C G C UU GUAU GUG GG AGAU GGAGACUA CUAA GCAAAGU C CGU CU UCUG CCUUUGAU GAUU CGUUUCA U GAAAUAGGACAUCUGUACA^ GA U G U UC GCUA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Hme-Novel-5-P2_5p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GGAGACUACCUAAUUGCAAAGU -22
Get sequence
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Mature sequence | Hme-Novel-5-P2_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
34- UUUGCCUUUAGUUAGUUUCCGG -56
Get sequence
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