| MirGeneDB ID | Gmo-Mir-455-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-455 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Cod (Gadus morhua) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | gmo-mir-455 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Gmo-Mir-455-P1-v1 Gmo-Mir-455-P2-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Dre-Mir-455-P1-v1 Gja-Mir-455 Lch-Mir-455 Mal-Mir-455-P1-v1 Mun-Mir-455 Pbv-Mir-455 Pma-Mir-455 Spt-Mir-455 Tni-Mir-455-P1-v1 Xtr-Mir-455 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Gadus_morhua.gadMor1.dna.toplevel) |
GeneScaffold_3249: 210640-210699 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-455-P1-v2) |
Mir-455-P1-v2
GeneScaffold_3249: 210640-210699 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-455-P1-v3 GeneScaffold_3249: 210640-210699 [+] UCSC Ensembl Mir-455-P1-v1 GeneScaffold_3249: 210641-210698 [+] UCSC Ensembl |
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| Variant | Gmo-Mir-455-P1-v2 |
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| Seed | CAGUCCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCGAGGUCUCCAGACAUCCCUGACGUGGGGGUAUGUGCCCUUGGACUACAUCGUGGAAGCCAGCACCAUGCAGUCCAUGGGCAUAUACACUUACCUCAAGGCUUGGGUCGCCAUUACCAUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CCGAGGUCUCCAGACAU--| C C G U A CGUGGAA CC UGA GUGGG GUAUGUGCCC UGGACU CAU G GG ACU CAUUC CAUAUACGGG ACCUGA GUA C UACCAUUACCGCUGGGUUC^ A C A U C CCACGAC . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Gmo-Mir-455-P1-v2_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0044214 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GUAUGUGCCCUUGGACUACAU -21
Get sequence
|
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| Mature sequence | Gmo-Mir-455-P1-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0044215 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- GCAGUCCAUGGGCAUAUACAC -60
Get sequence
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| Variant | Gmo-Mir-455-P1-v1 |
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| Seed | AUGUGCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CGAGGUCUCCAGACAUCCCUGACGUGGGGGUAUGUGCCCUUGGACUACAUCGUGGAAGCCAGCACCAUGCAGUCCAUGGGCAUAUACACUUACCUCAAGGCUUGGGUCGCCAUUACCAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CGAGGUCUCCAGACAUC- -| C G U A C UGGAA CC UGA GUGGG GUAUGUGCCC UGGACU CAU G G GG ACU CAUUC CAUAUACGGG ACCUGA GUA C C ACCAUUACCGCUGGGUUC A^ C A U C C ACGAC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Gmo-Mir-455-P1-v1_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0044214 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAUGUGCCCUUGGACUACAUCG -22
Get sequence
|
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| Star sequence | Gmo-Mir-455-P1-v1_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0044215 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- AUGCAGUCCAUGGGCAUAUACA -58
Get sequence
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| Variant | Gmo-Mir-455-P1-v3 |
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| Seed | GCAGUCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCGAGGUCUCCAGACAUCCCUGACGUGGGGGUAUGUGCCCUUGGACUACAUCGUGGAAGCCAGCACCAUGCAGUCCAUGGGCAUAUACACUUACCUCAAGGCUUGGGUCGCCAUUACCAUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CCGAGGUCUCCAGACAU--| C C G U A CGUGGAA CC UGA GUGGG GUAUGUGCCC UGGACU CAU G GG ACU CAUUC CAUAUACGGG ACCUGA GUA C UACCAUUACCGCUGGGUUC^ A C A U C CCACGAC . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Gmo-Mir-455-P1-v3_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0044214 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GUAUGUGCCCUUGGACUACAUC -22
Get sequence
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| Mature sequence | Gmo-Mir-455-P1-v3_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0044215 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UGCAGUCCAUGGGCAUAUACAC -60
Get sequence
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