| MirGeneDB ID | Efe-Mir-193-P2f | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-193 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Common brandling worm (Eisenia fetida) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Efe-Mir-193-P1n Efe-Mir-193-P1o Efe-Mir-193-P2c-v1 Efe-Mir-193-P2d-v1 Efe-Mir-193-P2e-v1 Efe-Mir-193-P2f-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bge-Mir-193-P2 Cbr-Mir-193-P2-v1 Cel-Mir-193-P2-v1 Cte-Mir-193-P2 Dgr-Mir-193-P2 Dlo-Mir-193-P2 Ebu-Mir-193-P2 Hme-Mir-193-P2 Hru-Mir-193-P2 Lgi-Mir-193-P2 Llo-Mir-193-P2-v1 Mgi-Mir-193-P2 Pau-Mir-193-P2 Pdu-Mir-193-P2 Pfl-Mir-193-P2 Pma-Mir-193-P2 Pmi-Mir-193-P2 Pve-Mir-193-P2 Rph-Mir-193-P2 Sko-Mir-193-P2 Snu-Mir-193-P2 Spu-Mir-193-P2 Sro-Mir-193-P2 Tca-Mir-193-P2 Xbo-Mir-193-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | E. fetida | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Efe_combined) |
Efet.01.1370857: 57-119 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-193-P2f-v2) |
Mir-193-P2f-v1
Efet.01.1370857: 57-119 [+]
Mir-193-P2f-v2 Efet.01.1370857: 57-119 [+] |
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| Variant | Efe-Mir-193-P2f-v2 |
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| Seed | AUGCCCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAUUAAUUGGAUCAUUUGAACGGGUGUGAAACGGGAUCUCAGUGGGCAUUGUCUUCAGUGUUUGAAACAAGAAUGCCCUGUGAAAUCCUGUCUCUCCGCCUGUCCAGUACAACGAUCCAANNNGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GAUUAAUUGGAUCAUUU- A U-| A C GU GUCUUCAGUG G ACGGGUG GA ACGGGAU UCA GGGCAUU \ C UGUCCGC CU UGUCCUA AGU CCCGUAA U NNNAACCUAGCAACAUGA C CU^ C A GU GAACAAAGUU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Efe-Mir-193-P2f-v2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACGGGAUCUCAGUGGGCAUUGU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Efe-Mir-193-P2f-v2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- AAUGCCCUGUGAAAUCCUGUCU -63
Get sequence
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| Variant | Efe-Mir-193-P2f-v1 |
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| Seed | AAUGCCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAUUAAUUGGAUCAUUUGAACGGGUGUGAAACGGGAUCUCAGUGGGCAUUGUCUUCAGUGUUUGAAACAAGAAUGCCCUGUGAAAUCCUGUCUCUCCGCCUGUCCAGUACAACGAUCCAANNNGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 GAUUAAUUGGAUCAUUU- A U-| A C GU GUCUUCAGUG G ACGGGUG GA ACGGGAU UCA GGGCAUU \ C UGUCCGC CU UGUCCUA AGU CCCGUAA U NNNAACCUAGCAACAUGA C CU^ C A GU GAACAAAGUU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Efe-Mir-193-P2f-v1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACGGGAUCUCAGUGGGCAUUGUC -23
Get sequence
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| Mature sequence | Efe-Mir-193-P2f-v1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- GAAUGCCCUGUGAAAUCCUGUCU -63
Get sequence
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