| MirGeneDB ID | Ebu-Mir-338-o1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-338 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Inshore hagfish (Eptatretus burgeri) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ebu-Mir-338-o2 Ebu-Mir-338-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Ami-Mir-338-P1 Cli-Mir-338-P1 Cmi-Mir-338-P1 Cpi-Mir-338-P1 Dre-Mir-338-P1 Gmo-Mir-338-P1 Lch-Mir-338-P1 Loc-Mir-338-P1 Mal-Mir-338-P1 Mun-Mir-338-P1 Sto-Mir-338-P1 Tgu-Mir-338-P1 Tni-Mir-338-P1 Xla-Mir-338-P1a Xla-Mir-338-P1b Xtr-Mir-338-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | E. burgeri | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Eburgeri_3) |
FYBX02010512.1: 3093234-3093293 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CCAGCAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGGUCGGGCCAAUUUGUGCUCCUUUCCAGAAACAAUAUCCUGAUGCUGAUGAGUGAACACUUAAAGCUCCAGCAUCAGUGAUUUUGUUACUGGCAGGGCAGUUCAAGCAGCUGGUGACAGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AGGUCGGGCCAAUUUGU- - U A U -| AU GAACA GCU CCUU CCAG AACAA AUC CUGAUGCUG GAGU \ UGA GGGA GGUC UUGUU UAG GACUACGAC CUCG C GACAGUGGUCGACGAACU C C A U U^ -- AAAUU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Ebu-Mir-338-o1_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AACAAUAUCCUGAUGCUGAUGAGU -24
Get sequence
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| Mature sequence | Ebu-Mir-338-o1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UCCAGCAUCAGUGAUUUUGUUAC -60
Get sequence
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