MirGeneDB ID | Ebu-Mir-29-P2e | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-29 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Inshore hagfish (Eptatretus burgeri) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Ebu-Mir-29-P1e Ebu-Mir-29-P1f Ebu-Mir-29-P2f | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Agr-Mir-29-P2 Asu-Mir-29-P2 Bfl-Mir-29-P2 Bla-Mir-29-P2 Cbr-Mir-29-P2 Cel-Mir-29-P2 Cte-Mir-29-P2 Dgr-Mir-29-P2 Dma-Mir-29-P2 Dpu-Mir-29-P2 Eba-Mir-29-P2 Esc-Mir-29-P2 Gsp-Mir-29 Hru-Mir-29-P2 Lgi-Mir-29-P2 Lhy-Mir-29-P2 Llo-Mir-29-P2 Mgi-Mir-29-P2 Mom-Mir-29-P2 Npo-Mir-29-P2 Obi-Mir-29-P2 Ofu-Mir-29-P2 Ovu-Mir-29-P2 Pau-Mir-29-P2 Pcr-Mir-29-P2 Pdu-Mir-29-P2 Pfl-Mir-29-P2 Pmi-Mir-29-P2 Pve-Mir-29-P2 Rph-Mir-29-P2 Sko-Mir-29-P2 Sme-Mir-29-o2 Spu-Mir-29-P2 War-Mir-29-P2 Xbo-Mir-29-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | E. burgeri | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Eburgeri_3) |
FYBX02009700.1: 5993-6052 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-29-P2e) |
Mir-29-P2e
FYBX02009700.1: 5993-6052 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-29-P1e FYBX02009700.1: 6564-6626 [-] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AGCACCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GUUCCGCUUCUCUAGCCCUCGUCUGAUAUGACUGAUUUCUUUUGGUGUUUAGAGUGUUUUACUCAAUCUAGCACCAUUUGAAAUCAGUUAUGUAGAGAGGGCGUUGCCUUCAAUAGGAAAGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 GUUCCGCUUCUCUAGCC----| G G UUU U GUGUUU CUC UCU AUAUGACUGAUUUC UGGUGUU AGA \ GAG AGA UGUAUUGACUAAAG ACCACGA UCU U AAAGGAUAACUUCCGUUGCGG^ - - UUU - AACUCA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Ebu-Mir-29-P2e_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- ACUGAUUUCUUUUGGUGUUUAGA -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Ebu-Mir-29-P2e_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- UAGCACCAUUUGAAAUCAGUUA -60
Get sequence
|