MirGeneDB ID | Dre-Mir-724-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-724 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Zebrafish (Danio rerio) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | dre-mir-724 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Dre-Mir-724-P1-v1 Dre-Mir-724-P2-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Gmo-Mir-724-P2-v1 Mal-Mir-724-P2-v1 Tni-Mir-724-P2-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Neopterygii | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (danRer11) |
chr11: 3176700-3176758 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-724-P2-v2) |
Mir-724-P2-v1
chr11: 3176699-3176759 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-724-P2-v2 chr11: 3176700-3176758 [+] UCSC Ensembl |
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Variant | Dre-Mir-724-P2-v2 |
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Seed | AAAGGGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AACAGGCUCGAUUUCCCAGCAGACUGGAUUUAAAGGGAAUUUGCGACUGUUAGUCAGAUUUGUAGAACAGCCACACCUUCCUUUUAAGAUCUUGCCUGCUGCUCUUUCCCCAACGGCCUGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 AACAGGCUCGAUUUCCC-- ACU -| UU CGA AGUCAG AGCAG GGAUU UAAAGGGAA UG CUGUU A UCGUC UCUAG AUUUUCCUU AC GACAA U UCCGGCAACCCCUUUCUCG CGU A^ CC ACC GAUGUU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Dre-Mir-724-P2-v2_5p |
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mirBase accession | MIMAT0003752 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UAAAGGGAAUUUGCGACUGUUA -22
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanFish: dre-miR-724 |
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Star sequence | Dre-Mir-724-P2-v2_3p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- ACAGCCACACCUUCCUUUUAAGA -59
Get sequence
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Variant | Dre-Mir-724-P2-v1 |
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Seed | UAAAGGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAACAGGCUCGAUUUCCCAGCAGACUGGAUUUAAAGGGAAUUUGCGACUGUUAGUCAGAUUUGUAGAACAGCCACACCUUCCUUUUAAGAUCUUGCCUGCUGCUCUUUCCCCAACGGCCUGGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 CAACAGGCUCGAUUUCC-- ACU -| UU CGA AGUCAG CAGCAG GGAUU UAAAGGGAA UG CUGUU A GUCGUC UCUAG AUUUUCCUU AC GACAA U GUCCGGCAACCCCUUUCUC CGU A^ CC ACC GAUGUU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Dre-Mir-724-P2-v1_5p |
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mirBase accession | MIMAT0003752 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UUAAAGGGAAUUUGCGACUGUU -22
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanFish: dre-miR-724 |
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Star sequence | Dre-Mir-724-P2-v1_3p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- CAGCCACACCUUCCUUUUAAGAU -61
Get sequence
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