| MirGeneDB ID | Dre-Mir-724-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-724 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Zebrafish (Danio rerio) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | dre-mir-724 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Dre-Mir-724-P1-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Gmo-Mir-724-P2-v1 Mal-Mir-724-P2-v1 Tni-Mir-724-P2-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Neopterygii | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (danRer11) |
chr11: 3176699-3176759 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-724-P2-v1) |
Mir-724-P2-v1
chr11: 3176699-3176759 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-724-P2-v2 chr11: 3176700-3176758 [+] UCSC Ensembl |
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| Variant | Dre-Mir-724-P2-v1 |
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| Seed | UAAAGGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAACAGGCUCGAUUUCCCAGCAGACUGGAUUUAAAGGGAAUUUGCGACUGUUAGUCAGAUUUGUAGAACAGCCACACCUUCCUUUUAAGAUCUUGCCUGCUGCUCUUUCCCCAACGGCCUGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CAACAGGCUCGAUUUCC-- ACU -| UU CGA AGUCAG CAGCAG GGAUU UAAAGGGAA UG CUGUU A GUCGUC UCUAG AUUUUCCUU AC GACAA U GUCCGGCAACCCCUUUCUC CGU A^ CC ACC GAUGUU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Dre-Mir-724-P2-v1_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0003752 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUAAAGGGAAUUUGCGACUGUU -22
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanFish: dre-miR-724 |
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| Star sequence | Dre-Mir-724-P2-v1_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- CAGCCACACCUUCCUUUUAAGAU -61
Get sequence
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| Variant | Dre-Mir-724-P2-v2 |
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| Seed | AAAGGGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AACAGGCUCGAUUUCCCAGCAGACUGGAUUUAAAGGGAAUUUGCGACUGUUAGUCAGAUUUGUAGAACAGCCACACCUUCCUUUUAAGAUCUUGCCUGCUGCUCUUUCCCCAACGGCCUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AACAGGCUCGAUUUCCC-- ACU -| UU CGA AGUCAG AGCAG GGAUU UAAAGGGAA UG CUGUU A UCGUC UCUAG AUUUUCCUU AC GACAA U UCCGGCAACCCCUUUCUCG CGU A^ CC ACC GAUGUU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Dre-Mir-724-P2-v2_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0003752 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAAAGGGAAUUUGCGACUGUUA -22
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanFish: dre-miR-724 |
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| Star sequence | Dre-Mir-724-P2-v2_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- ACAGCCACACCUUCCUUUUAAGA -59
Get sequence
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