| MirGeneDB ID | Gmo-Mir-724-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-724 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Cod (Gadus morhua) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | gmo-mir-724-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Gmo-Mir-724-P1-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Dre-Mir-724-P2-v1 Mal-Mir-724-P2-v1 Tni-Mir-724-P2-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Neopterygii | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Gadus_morhua.gadMor1.dna.toplevel) |
GeneScaffold_880: 70240-70300 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-724-P2-v1) |
Mir-724-P2-v1
GeneScaffold_880: 70240-70300 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-724-P2-v2 GeneScaffold_880: 70241-70299 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Gmo-Mir-724-P2-v1 |
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| Seed | UAAAGGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAGGGCCACAGAACUCCCAGCAGACUGGAUUUAAAGGGAAUUUGCGACUGUUAAUCAAAGCGUUAGAACAGCCACACCUUCCUUUUAAGAUCUUGCCUGCUGCUCUUUCUCACUGGCUGCCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CAGGGCCACAGAACUCC-- ACU -| UU CGA AAUCAA CAGCAG GGAUU UAAAGGGAA UG CUGUU A GUCGUC UCUAG AUUUUCCUU AC GACAA G CCGUCGGUCACUCUUUCUC CGU A^ CC ACC GAUUGC . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Gmo-Mir-724-P2-v1_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0044318 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUAAAGGGAAUUUGCGACUGUU -22
Get sequence
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| Star sequence | Gmo-Mir-724-P2-v1_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0044319 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- CAGCCACACCUUCCUUUUAAGAU -61
Get sequence
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| Variant | Gmo-Mir-724-P2-v2 |
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| Seed | AAAGGGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGGGCCACAGAACUCCCAGCAGACUGGAUUUAAAGGGAAUUUGCGACUGUUAAUCAAAGCGUUAGAACAGCCACACCUUCCUUUUAAGAUCUUGCCUGCUGCUCUUUCUCACUGGCUGCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AGGGCCACAGAACUCCC-- ACU -| UU CGA AAUCAA AGCAG GGAUU UAAAGGGAA UG CUGUU A UCGUC UCUAG AUUUUCCUU AC GACAA G CGUCGGUCACUCUUUCUCG CGU A^ CC ACC GAUUGC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Gmo-Mir-724-P2-v2_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0044318 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAAAGGGAAUUUGCGACUGUUA -22
Get sequence
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| Star sequence | Gmo-Mir-724-P2-v2_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0044319 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- ACAGCCACACCUUCCUUUUAAGA -59
Get sequence
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