MirGeneDB ID | Dno-Mir-455 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-455 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Nine-banded armadillo (Dasypus novemcinctus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | dno-mir-455 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Dno-Mir-455-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Gja-Mir-455 Lch-Mir-455 Mun-Mir-455 Pbv-Mir-455 Pma-Mir-455 Spt-Mir-455 Xtr-Mir-455 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (dasNov3) |
JH570314: 1028609-1028668 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-455-v3) |
Mir-455-v2
JH570314: 1028609-1028668 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-455-v3 JH570314: 1028609-1028668 [+] UCSC Ensembl Mir-455-v1 JH570314: 1028610-1028667 [+] UCSC Ensembl |
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Variant | Dno-Mir-455-v3 |
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Seed | GCAGUCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCAAGUGCCCCACCCUUCCCUGGCGUGAGGGUAUGUGCCUUUGGACUACAUCGUGGAAGCCAGCACCAUGCAGUCCGUGGGCAUAUACACUUGCCUCAAGGCCUAAGUCAUCGAGGAGUCGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 GCAAGUGCCCCACCCUU--| C C UG G U A CGUGGAA CC UGG G AG GUAUGUGCCU UGGACU CAU G GG ACU C UC CAUAUACGGG GCCUGA GUA C CUGAGGAGCUACUGAAUCC^ A C GU A U C CCACGAC . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Dno-Mir-455-v3_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0047906 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GUAUGUGCCUUUGGACUACAUC -22
Get sequence
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Mature sequence | Dno-Mir-455-v3_3p |
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mirBase accession | MIMAT0047907 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- UGCAGUCCGUGGGCAUAUACAC -60
Get sequence
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Variant | Dno-Mir-455-v1 |
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Seed | AUGUGCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAAGUGCCCCACCCUUCCCUGGCGUGAGGGUAUGUGCCUUUGGACUACAUCGUGGAAGCCAGCACCAUGCAGUCCGUGGGCAUAUACACUUGCCUCAAGGCCUAAGUCAUCGAGGAGUGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 CAAGUGCCCCACCCUUC- -| C UG G U A C UGGAA CC UGG G AG GUAUGUGCCU UGGACU CAU G G GG ACU C UC CAUAUACGGG GCCUGA GUA C C UGAGGAGCUACUGAAUCC A^ C GU A U C C ACGAC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Dno-Mir-455-v1_5p |
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mirBase accession | MIMAT0047906 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UAUGUGCCUUUGGACUACAUCG -22
Get sequence
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Star sequence | Dno-Mir-455-v1_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0047907 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- AUGCAGUCCGUGGGCAUAUACA -58
Get sequence
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Variant | Dno-Mir-455-v2 |
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Seed | CAGUCCG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCAAGUGCCCCACCCUUCCCUGGCGUGAGGGUAUGUGCCUUUGGACUACAUCGUGGAAGCCAGCACCAUGCAGUCCGUGGGCAUAUACACUUGCCUCAAGGCCUAAGUCAUCGAGGAGUCGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 GCAAGUGCCCCACCCUU--| C C UG G U A CGUGGAA CC UGG G AG GUAUGUGCCU UGGACU CAU G GG ACU C UC CAUAUACGGG GCCUGA GUA C CUGAGGAGCUACUGAAUCC^ A C GU A U C CCACGAC . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Dno-Mir-455-v2_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0047906 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GUAUGUGCCUUUGGACUACAU -21
Get sequence
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Mature sequence | Dno-Mir-455-v2_3p |
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mirBase accession | MIMAT0047907 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- GCAGUCCGUGGGCAUAUACAC -60
Get sequence
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