MirGeneDB ID | Dme-Mir-31-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-31 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GGCAAGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Fruit fly (Drosophila melanogaster) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | dme-mir-31a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Dme-Mir-31-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-31 Aca-Mir-31 Ami-Mir-31 Asu-Mir-31 Bfl-Mir-31 Bge-Mir-31 Bla-Mir-31 Bpl-Mir-31 Bta-Mir-31 Cbr-Mir-31 Cel-Mir-31 Cfa-Mir-31 Cgi-Mir-31 Cin-Mir-31 Cli-Mir-31 Cmi-Mir-31 Cpi-Mir-31 Cpo-Mir-31 Cte-Mir-31 Dan-Mir-31-P1 Dma-Mir-31 Dmo-Mir-31-P1 Dno-Mir-31 Dpu-Mir-31 Dre-Mir-31 Dsi-Mir-31-P1 Dya-Mir-31-P1 Ebu-Mir-31 Efe-Mir-31 Esc-Mir-31 Ete-Mir-31 Gga-Mir-31 Gmo-Mir-31 Hme-Mir-31 Hsa-Mir-31 Isc-Mir-31 Lch-Mir-31 Lgi-Mir-31 Mal-Mir-31 Mdo-Mir-31 Mml-Mir-31 Mmu-Mir-31 Mun-Mir-31 Npo-Mir-31 Oan-Mir-31 Obi-Mir-31 Ocu-Mir-31 Ovu-Mir-31 Pbv-Mir-31 Pfl-Mir-31 Rno-Mir-31 Sha-Mir-31 Sko-Mir-31 Spt-Mir-31 Spu-Mir-31 Sto-Mir-31 Tca-Mir-31 Tgu-Mir-31 Tni-Mir-31 Xbo-Mir-31 Xtr-Mir-31 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Drosophila | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Drosophila_melanogaster_BDGP6) |
2R: 17783806-17783873 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AUCGAUCGUAUAUCAACUCCGUUGGUAAAUUGGCAAGAUGUCGGCAUAGCUGACGUUGAAAAGCGAUUUUGAAGAGCGCUAUGCUGCAUCUAGUCAGUUGUUCAAUGGAACAGUCAGCGAGAUCGAACGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 AUCGAUCGUAUAUCAAC--| UA A U UGACGUUGAAAAG UCCGUUGG AAUUGGC AGAUG CGGCAUAGC \ AGGUAACU UUGACUG UCUAC GUCGUAUCG C CAAGCUAGAGCGACUGACA^ UG A - CGAGAAGUUUUAG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Dme-Mir-31-P1_5p |
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mirBase accession | MIMAT0000400 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGGCAAGAUGUCGGCAUAGCUGA -23
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0000400 TargetScanFly: dme-miR-31a |
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Star sequence | Dme-Mir-31-P1_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0020834 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
46- CGCUAUGCUGCAUCUAGUCAGU -68
Get sequence
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