MirGeneDB ID | Cpo-Mir-672 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-672 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cpo-mir-672 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Cja-Mir-672 Dno-Mir-672 Ete-Mir-672 Laf-Mir-672 Mmr-Mir-672 Mmu-Mir-672 Ocu-Mir-672 Rno-Mir-672 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (cavPor3) |
scaffold_26: 21954918-21954978 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAGGUUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUAAAAGAUGGUUAUACAGAACUUUAGUUUUGAGGUUGGUGUACUGUGUGUGGGUAUACAUAUUUAUCCCACACAGCCACUAUGUUUCAAAGCAAAGGUGCACAUCUUUGUCUGCCAUCUCGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 60 UUAAAAGAUGGUUAUACAGA-- A GG -| UA U GUAUAC ACUUU GUUUUGA U UGGUG CUGUGUG GG A UGGAA CGAAACU G AUCAC GACACAC CC U CUCUACCGUCUGUUUCUACACG A UU U^ C- - UAUUUA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Cpo-Mir-672_5p (predicted) |
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mirBase accession | MIMAT0047371 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGAGGUUGGUGUACUGUGUGUGG -23
Get sequence
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Star sequence | Cpo-Mir-672_3p* (predicted) |
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mirBase accession | MIMAT0047372 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- CCACACAGCCACUAUGUUUCAAA -61
Get sequence
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