MirGeneDB ID | Cja-Mir-672 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-672 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | White-tufted-ear marmoset (Callithrix jacchus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Cpo-Mir-672 Dno-Mir-672 Ete-Mir-672 Laf-Mir-672 Mmr-Mir-672 Mmu-Mir-672 Ocu-Mir-672 Rno-Mir-672 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_011100555.2_mCalJa1.2.pat.X_genomic) |
CM021937.1: 69317628-69317687 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAGGUUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUACAAAACGGUGAUCUAGCCCUUUCGUUUUGAGGUUGGUGUAUUAUGUGUGAGUAUACAUAUUUAUCACACACAGUCACUGUCUUAAAAAGUGAAGGUGCAUAUAUUUCUCAGCCAUCUGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 UUACAAAACGGUGAUCUA- - CG-| GUU U A GUAUAC GC CCUUU UUUUGAG GGUG AUU UGUGUGA \ CG GGAAG AAAAUUC UCAC UGA ACACACU A UCUACCGACUCUUUAUAUA U UGA^ UG- - C AUUUAU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Cja-Mir-672_5p (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGAGGUUGGUGUAUUAUGUGUGA -23
Get sequence
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Star sequence | Cja-Mir-672_3p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- ACACACAGUCACUGUCUUAAAA -60
Get sequence
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