MirGeneDB ID | Cpo-Mir-330-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-330 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CUCUGGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cpo-mir-330 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cpo-Mir-330-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-330-v1 Cfa-Mir-330-v1 Dno-Mir-330-v1 Ete-Mir-330-v1 Hsa-Mir-330-v1 Mml-Mir-330-v1 Mmu-Mir-330-v1 Ocu-Mir-330-v1 Rno-Mir-330-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (cavPor3) |
scaffold_80: 6059868-6059931 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-330-v1) |
Mir-330-v1
scaffold_80: 6059868-6059931 [-]
UCSC
Mir-330-v2 scaffold_80: 6059868-6059931 [-] UCSC |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CCUGCUGUGUGAUCUUUGGCGAUCACUGCCUCUCUGGGCCUGUGUCUUAGGCUCUGCAAGAUCAACCGAGCAAAGCACACGGCCUGCAGAGAGGCAGAGCUUCGCCCCGCACUCGGCCCCCACAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 CCUGCUGUGUGAUCUUU- UCA- -- -| U AG CUGCAAG GGCGA CUGCCUCUCUG GGCC UGUG CUU GCU \ CCGCU GACGGAGAGAC CCGG ACAC GAA CGA A ACACCCCCGGCUCACGCC UCGA GU C^ - A- GCCAACU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Cpo-Mir-330-v1_5p |
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mirBase accession | MIMAT0047166 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UCUCUGGGCCUGUGUCUUAGGCU -23
Get sequence
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Co-mature sequence | Cpo-Mir-330-v1_3p |
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mirBase accession | MIMAT0047167 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
40- CAAAGCACACGGCCUGCAGAGAGG -64
Get sequence
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