| MirGeneDB ID | Cpo-Mir-330 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-330 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cpo-mir-330 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cpo-Mir-330-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Cfa-Mir-330 Laf-Mir-330 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (cavPor3) |
scaffold_80: 6059868-6059931 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-330-v2) |
Mir-330-v1
scaffold_80: 6059868-6059931 [-]
UCSC
Mir-330-v2 scaffold_80: 6059868-6059931 [-] UCSC |
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| Variant | Cpo-Mir-330-v2 |
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| Seed | CUCUGGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCUGCUGUGUGAUCUUUGGCGAUCACUGCCUCUCUGGGCCUGUGUCUUAGGCUCUGCAAGAUCAACCGAGCAAAGCACACGGCCUGCAGAGAGGCAGAGCUUCGCCCCGCACUCGGCCCCCACAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CCUGCUGUGUGAUCUUU- UCA- -- -| U AG UGCAAG GGCGA CUGCCUCUCUG GGCC UGUG CUU GCUC \ CCGCU GACGGAGAGAC CCGG ACAC GAA CGAG A ACACCCCCGGCUCACGCC UCGA GU C^ - A- CCAACU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cpo-Mir-330-v2_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0047166 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCUCUGGGCCUGUGUCUUAGGCUC -24
Get sequence
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| Co-mature sequence | Cpo-Mir-330-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0047167 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- GCAAAGCACACGGCCUGCAGAGAGG -64
Get sequence
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| Variant | Cpo-Mir-330-v1 |
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| Seed | CUCUGGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCUGCUGUGUGAUCUUUGGCGAUCACUGCCUCUCUGGGCCUGUGUCUUAGGCUCUGCAAGAUCAACCGAGCAAAGCACACGGCCUGCAGAGAGGCAGAGCUUCGCCCCGCACUCGGCCCCCACAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CCUGCUGUGUGAUCUUU- UCA- -- -| U AG CUGCAAG GGCGA CUGCCUCUCUG GGCC UGUG CUU GCU \ CCGCU GACGGAGAGAC CCGG ACAC GAA CGA A ACACCCCCGGCUCACGCC UCGA GU C^ - A- GCCAACU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cpo-Mir-330-v1_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0047166 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCUCUGGGCCUGUGUCUUAGGCU -23
Get sequence
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| Co-mature sequence | Cpo-Mir-330-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0047167 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- CAAAGCACACGGCCUGCAGAGAGG -64
Get sequence
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