| MirGeneDB ID | Dno-Mir-330 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-330 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Nine-banded armadillo (Dasypus novemcinctus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | dno-mir-330 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-330-v1 Cfa-Mir-330 Cja-Mir-330-v1 Cpo-Mir-330-v1 Eca-Mir-330-v1 Ete-Mir-330-v1 Hsa-Mir-330-v1 Laf-Mir-330 Mml-Mir-330-v1 Mmr-Mir-330-v1 Mmu-Mir-330-v1 Ocu-Mir-330-v1 Pab-Mir-330-v1 Rno-Mir-330-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (dasNov3) |
JH580665: 363522-363585 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-330-v1) |
Mir-330-v1
JH580665: 363522-363585 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-330-v2 JH580665: 363522-363585 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Dno-Mir-330-v1 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AAAGCAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CGUGCUGUGUGAUCUUGGGCGAUCACUGCCUCUCUGGGCCUGUGUCUUAGGCUCUGCAAGAUCAACCGAGCAAAGCACACGGCCUGCAGAGAGCCAGCGCUGCGCUCCUAGCGGCCCGCGGGGCGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 CGUGCUGUGUGAUCUUG- AUCA- C -- -| U AG CUGCAAG GGCG CUG CUCUCUG GGCC UGUG CUU GCU \ UCGC GAC GAGAGAC CCGG ACAC GAA CGA A CGGGGCGCCCGGCGAUCC GUCGC C GU C^ - A- GCCAACU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Dno-Mir-330-v1_5p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0047811 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCUCUGGGCCUGUGUCUUAGGCU -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Dno-Mir-330-v1_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0047812 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- CAAAGCACACGGCCUGCAGAGAGC -64
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Variant | Dno-Mir-330-v2 |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CAAAGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CGUGCUGUGUGAUCUUGGGCGAUCACUGCCUCUCUGGGCCUGUGUCUUAGGCUCUGCAAGAUCAACCGAGCAAAGCACACGGCCUGCAGAGAGCCAGCGCUGCGCUCCUAGCGGCCCGCGGGGCGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 CGUGCUGUGUGAUCUUG- AUCA- C -- -| U AG UGCAAG GGCG CUG CUCUCUG GGCC UGUG CUU GCUC \ UCGC GAC GAGAGAC CCGG ACAC GAA CGAG A CGGGGCGCCCGGCGAUCC GUCGC C GU C^ - A- CCAACU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Dno-Mir-330-v2_5p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0047811 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCUCUGGGCCUGUGUCUUAGGCUC -24
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Dno-Mir-330-v2_3p (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0047812 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- GCAAAGCACACGGCCUGCAGAGAGC -64
Get sequence
|
