| MirGeneDB ID | Ete-Mir-330 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-330 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Lesser hedgehog tenrec (Echinops telfairi) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-330-v1 Cfa-Mir-330 Cja-Mir-330-v1 Cpo-Mir-330-v1 Dno-Mir-330-v1 Eca-Mir-330-v1 Hsa-Mir-330-v1 Laf-Mir-330 Mml-Mir-330-v1 Mmr-Mir-330-v1 Mmu-Mir-330-v1 Ocu-Mir-330-v1 Pab-Mir-330-v1 Rno-Mir-330-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (echTel2) |
JH980338: 10700566-10700629 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-330-v1) |
Mir-330-v1
JH980338: 10700566-10700629 [-]
UCSC
Mir-330-v2 JH980338: 10700566-10700629 [-] UCSC |
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| Variant | Ete-Mir-330-v1 |
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| Seed | CUCUGGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CGUGCUGUGUGAUCUUGGGCGAUCACUGCCUCUCUGGGCCUGUGUCUUAGGCUCUGCGUGUUCGACCGAGCAAAGCACACGGCCUGCAGAGAGCCAGCGCUCCGCUCCGCUCCUACCGCGGCGCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CGUGCUGUGUGAUCUUG- AUCA- C -- -| U AG CUGCGUG GGCG CUG CUCUCUG GGCC UGUG CUU GCU \ UCGC GAC GAGAGAC CCGG ACAC GAA CGA U CGCGGCGCCAUCCUCGCC CUCGC C GU C^ - A- GCCAGCU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Ete-Mir-330-v1_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCUCUGGGCCUGUGUCUUAGGCU -23
Get sequence
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| Co-mature sequence | Ete-Mir-330-v1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- CAAAGCACACGGCCUGCAGAGAGC -64
Get sequence
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| Variant | Ete-Mir-330-v2 |
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| Seed | CUCUGGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CGUGCUGUGUGAUCUUGGGCGAUCACUGCCUCUCUGGGCCUGUGUCUUAGGCUCUGCGUGUUCGACCGAGCAAAGCACACGGCCUGCAGAGAGCCAGCGCUCCGCUCCGCUCCUACCGCGGCGCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CGUGCUGUGUGAUCUUG- AUCA- C -- -| U AG UGCGUG GGCG CUG CUCUCUG GGCC UGUG CUU GCUC \ UCGC GAC GAGAGAC CCGG ACAC GAA CGAG U CGCGGCGCCAUCCUCGCC CUCGC C GU C^ - A- CCAGCU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Ete-Mir-330-v2_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCUCUGGGCCUGUGUCUUAGGCUC -24
Get sequence
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| Co-mature sequence | Ete-Mir-330-v2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- GCAAAGCACACGGCCUGCAGAGAGC -64
Get sequence
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