MirGeneDB ID | Cja-Mir-2355 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-2355 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | White-tufted-ear marmoset (Callithrix jacchus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-2355 Cfa-Mir-2355 Cpo-Mir-2355 Dno-Mir-2355 Ete-Mir-2355 Hsa-Mir-2355 Laf-Mir-2355 Mml-Mir-2355 Mmr-Mir-2355 Ocu-Mir-2355 Pab-Mir-2355 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_011100555.2_mCalJa1.2.pat.X_genomic) |
CM021920.1: 125017477-125017543 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UCCCCAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGCAUAGAAAAUAACAUUGUCAGACGUGUCAUCCCCAGAUACAAUGGACAAUAUGCUAUUAUAAUUGUAUGGCAUUGUCCUUGCUGUUUGGAGAUAAUACUGCUGACUUUAUUCCUCUCAUACAUGUGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 60 UGCAUAGAAAAUAACAUU-- AC C C -| U AUGCUAUUAU GUCAG GUGU AUC CCAGAUA CAA GGACAAU \ CAGUC CAUA UAG GGUUUGU GUU CCUGUUA A UGUACAUACUCUCCUUAUUU GU A A C^ - CGGUAUGUUA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Cja-Mir-2355_5p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AUCCCCAGAUACAAUGGACAAU -22
Get sequence
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Co-mature sequence | Cja-Mir-2355_3p (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
45- UGUCCUUGCUGUUUGGAGAUAA -67
Get sequence
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