| MirGeneDB ID | Bla-Mir-193-P1g1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-193 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | European lancelet (Branchiostoma lanceolatum) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Bla-Mir-193-P1e Bla-Mir-193-P1f1 Bla-Mir-193-P1f2 Bla-Mir-193-P1g2 Bla-Mir-193-P1h1 Bla-Mir-193-P1h2 Bla-Mir-193-P1i1 Bla-Mir-193-P1i2 Bla-Mir-193-P1j1 Bla-Mir-193-P1j2 Bla-Mir-193-P1k | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-193-P1 Aga-Mir-193-P1 Bge-Mir-193-P1 Cbr-Mir-193-P1-v1 Cel-Mir-193-P1-v1 Cte-Mir-193-P1 Dan-Mir-193-P1-v1 Dgr-Mir-193-P1 Dlo-Mir-193-P1 Dma-Mir-193-P1 Dme-Mir-193-P1-v1 Dmo-Mir-193-P1-v1 Dpu-Mir-193-P1 Dsi-Mir-193-P1-v1 Dya-Mir-193-P1-v1 Eba-Mir-193-P1 Esc-Mir-193-P1 Gpa-Mir-193-P1 Hme-Mir-193-P1 Hru-Mir-193-P1 Isc-Mir-193-P1 Lgi-Mir-193-P1 Lhy-Mir-193-P1 Mgi-Mir-193-P1 Mom-Mir-193-P1 Npo-Mir-193-P1 Obi-Mir-193-P1 Ofu-Mir-193-P1 Ovu-Mir-193-P1 Pau-Mir-193-P1 Pcr-Mir-193-P1 Pma-Mir-193-P1 Pmi-Mir-193-P1 Pve-Mir-193-P1 Rph-Mir-193-P1 Snu-Mir-193-P1 Tca-Mir-193-P1 War-Mir-193-P1 Xbo-Mir-193-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | B. lanceolatum | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (BraLan2) |
Sc0000154: 656679-656740 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-193-P1g1) |
Mir-193-P1f2
Sc0000154: 654308-654366 [+]
Ensembl
Mir-193-P1g1 Sc0000154: 656679-656740 [+] Ensembl Mir-193-P1h1 Sc0000154: 657045-657102 [+] Ensembl Mir-193-P1i2 Sc0000154: 658145-658203 [+] Ensembl Mir-193-P1j1 Sc0000154: 658502-658559 [+] Ensembl Mir-193-P1f1 Sc0000154: 659346-659404 [+] Ensembl Mir-193-P1g2 Sc0000154: 661730-661788 [+] Ensembl Mir-193-P1h2 Sc0000154: 662095-662152 [+] Ensembl Mir-193-P1i1 Sc0000154: 663231-663289 [+] Ensembl Mir-193-P1j2 Sc0000154: 663582-663639 [+] Ensembl Mir-193-P1k Sc0000154: 665556-665614 [+] Ensembl |
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| Seed | GGGACUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUAGCUUAACCGCUGCCCACUGUAGCCAUUCGGGACUUGGCGAGUCAGGCGGUUCUACUACGGCGUAUCCAACUGGCUCUCUAAGUCCUGACCGGCUGCGGUGACUCUCAUCAGAGCUCCGCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 UUAGCUUAACCGCUGCC--| AU C GC UUCUACU CACUGUAGCC UCGGGACUUGG GAGUCAG GG A GUGGCGUCGG AGUCCUGAAUC CUCGGUC CC C CGCCUCGAGACUACUCUCA^ CC U AA UAUGCGG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Bla-Mir-193-P1g1_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CGGGACUUGGCGAGUCAGGCGG -22
Get sequence
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| Star sequence | Bla-Mir-193-P1g1_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- AACUGGCUCUCUAAGUCCUGAC -62
Get sequence
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