| MirGeneDB ID | Bge-Novel-11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | BGE-NOVEL-11 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Cockroach (Blattella germanica) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | B. germanica | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | B. germanica | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Bger_2.0) |
KZ614500.1: 96730-96787 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Novel-11) |
Novel-9-P1
KZ614500.1: 80393-80452 [+]
Ensembl
Novel-9-P2 KZ614500.1: 82175-82234 [+] Ensembl Novel-10-P1 KZ614500.1: 92245-92301 [+] Ensembl Novel-10-P2 KZ614500.1: 92716-92772 [+] Ensembl Mir-92-P15 KZ614500.1: 94957-95013 [+] Ensembl Novel-11 KZ614500.1: 96730-96787 [+] Ensembl |
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| Seed | GGUCAUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGAAGAACAUCAAUUAUACUGGUUUCUUUUUGGUCAUGACUUCAGCAAUUUUGUGAUUUUUUAUAAAAUGGCUAUUGUUAUGUCCUCGAAGCACCAGUUUCCCAGCAAGAAAGAUCGAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UGAAGAACAUCAAUUAU---| UU UU U UUC A GUGAU ACUGGU CUUU GG CAUGAC AGC AUUUU U UGACCA GAAG CC GUAUUG UCG UAAAA U AGCUAGAAAGAACGACCCUU^ C- CU U UUA G UAUUU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Bge-Novel-11_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGGUCAUGACUUCAGCAAUUUU -22
Get sequence
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| Star sequence | Bge-Novel-11_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- AAUGGCUAUUGUUAUGUCCUCG -58
Get sequence
|
