MirGeneDB ID | Bge-Novel-10-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | BGE-NOVEL-10 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Cockroach (Blattella germanica) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Bge-Novel-10-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | B. germanica | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | B. germanica | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Bger_2.0) |
KZ614500.1: 92245-92301 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Novel-10-P1) |
Novel-9-P1
KZ614500.1: 80393-80452 [+]
Ensembl
Novel-9-P2 KZ614500.1: 82175-82234 [+] Ensembl Novel-10-P1 KZ614500.1: 92245-92301 [+] Ensembl Novel-10-P2 KZ614500.1: 92716-92772 [+] Ensembl Mir-92-P15 KZ614500.1: 94957-95013 [+] Ensembl Novel-11 KZ614500.1: 96730-96787 [+] Ensembl |
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Seed | CGUUGUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGAGCAAAAUUGAUAUUGCUGGAUUCUUUCACGUUGUAACUUGUGUAAAUUAUGAUGUAAGAUAUAAUUACACUUGUUACGACCGGAAAGCACCAGUUACUUACUGCAUUGCACUGGGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 UGAGCAAAAUUGAUAUU---| AUU AC UU A GAUG GCUGG CUUUC GUUGUAAC GUGUAA UUAU U UGACC GAAAG CAGCAUUG CACAUU AAUA A GGUCACGUUACGUCAUUCAU^ AC- GC UU - UAGA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Bge-Novel-10-P1_5p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- ACGUUGUAACUUGUGUAAAUUAU -23
Get sequence
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Star sequence | Bge-Novel-10-P1_3p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
35- AAUUACACUUGUUACGACCGGA -57
Get sequence
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