MirGeneDB ID | Bfl-Mir-34-P6b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-34 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GGCAGUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Florida lancelet (Branchiostoma floridae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | bfl-mir-34a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Bfl-Mir-34-P5a Bfl-Mir-34-P5b Bfl-Mir-34-P6a Bfl-Mir-34-P7 Bfl-Mir-34-P8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-34 Asu-Mir-34 Bge-Mir-34 Bla-Mir-34-P6 Cbr-Mir-34 Cel-Mir-34 Cgi-Mir-34 Cin-Mir-34 Cte-Mir-34 Dan-Mir-34 Dma-Mir-34 Dme-Mir-34 Dmo-Mir-34 Dpu-Mir-34 Dsi-Mir-34 Dya-Mir-34 Efe-Mir-34 Esc-Mir-34 Isc-Mir-34 Lgi-Mir-34 Npo-Mir-34 Obi-Mir-34 Ovu-Mir-34 Pfl-Mir-34 Pmi-Mir-34 Sko-Mir-34 Spu-Mir-34 Tca-Mir-34 Xbo-Mir-34 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | B. floridae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_000003815.2_Bfl_VNyyK_genomic) |
NC_049996.1: 202038-202094 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-34-P6b) |
Mir-34-P6b
NC_049996.1: 202038-202094 [-]
UCSC
Mir-34-P5b NC_049996.1: 202785-202846 [-] UCSC |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AAAUAAGGGCUGGUUACCUGUGUGUUGCUGUGGCAGUGUGGAUAGCUGGCCGUUUCUAAUAUAACAGCCACUGUACACACUCCCGUAAUAACACACGGACUUACAACACGGAGAGGAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 AAAUAAGGGCUGGUUAC--| C C G C C UCU CUGUGUGUUG UGUGG AGUGUG AUAG UGGC GUU A GGCACACAAU AUGCC UCACAC UGUC ACCG CAA A AGGAGAGGCACAACAUUCA^ A C A - A UAU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Bfl-Mir-34-P6b_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0009475 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGGCAGUGUGGAUAGCUGGCCGUUU -25
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Bfl-Mir-34-P6b_3p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
33- ACAGCCACUGUACACACUCCCGUA -57
Get sequence
|