MirGeneDB ID | Bfl-Mir-34-P7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-34 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GGCAGUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Florida lancelet (Branchiostoma floridae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Bfl-Mir-34-P5a Bfl-Mir-34-P5b Bfl-Mir-34-P6a Bfl-Mir-34-P6b Bfl-Mir-34-P8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-34 Asu-Mir-34 Bge-Mir-34 Bla-Mir-34-P7 Cbr-Mir-34 Cel-Mir-34 Cgi-Mir-34 Cin-Mir-34 Cte-Mir-34 Dan-Mir-34 Dma-Mir-34 Dme-Mir-34 Dmo-Mir-34 Dpu-Mir-34 Dsi-Mir-34 Dya-Mir-34 Efe-Mir-34 Esc-Mir-34 Isc-Mir-34 Lgi-Mir-34 Npo-Mir-34 Obi-Mir-34 Ovu-Mir-34 Pfl-Mir-34 Pmi-Mir-34 Sko-Mir-34 Spu-Mir-34 Tca-Mir-34 Xbo-Mir-34 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Branchiostoma | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_000003815.2_Bfl_VNyyK_genomic) |
NC_049996.1: 3255952-3256015 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-34-P7) |
Mir-34-P5a
NC_049996.1: 3242823-3242884 [+]
UCSC
Mir-34-P6a NC_049996.1: 3243575-3243631 [+] UCSC |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UAGUUGAUGUAUUUCUUCUUCUUUGUUCUGUGGCAGUGUAUUUAGCUGGGUAAGGAAGCUUUCAGUCUUUUACCCACUAUAUACACUACCUAUAGAAAUAAGAAGCCUGUCUUCGAACAAUUCAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 UAGUUGAUGUAUUUCUU-- UG -| C U C GGAAGCU CUUCUU UUCUGU GG AGUGUAU UAG UGGGUAA U GAAGAA AAGAUA CC UCACAUA AUC ACCCAUU U ACUUAACAAGCUUCUGUCC UA U^ A U - UUCUGAC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Bfl-Mir-34-P7_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGGCAGUGUAUUUAGCUGGGUAA -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Bfl-Mir-34-P7_3p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
41- ACCCACUAUAUACACUACCUAUA -64
Get sequence
|