| MirGeneDB ID | Bfl-Mir-34-P7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-34 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Florida lancelet (Branchiostoma floridae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Bfl-Mir-34-P5a Bfl-Mir-34-P5b Bfl-Mir-34-P6a Bfl-Mir-34-P6b Bfl-Mir-34-P8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-34 Aga-Mir-34 Agr-Mir-34 Asu-Mir-34 Bge-Mir-34 Bla-Mir-34-P7 Cbr-Mir-34 Cel-Mir-34 Cin-Mir-34 Cte-Mir-34 Dan-Mir-34 Dlo-Mir-34 Dma-Mir-34 Dme-Mir-34 Dmo-Mir-34 Dpu-Mir-34 Dsi-Mir-34 Dya-Mir-34 Efe-Mir-34 Esc-Mir-34 Gpa-Mir-34 Gsp-Mir-34 Hmi-Mir-34 Hru-Mir-34 Isc-Mir-34 Lgi-Mir-34 Lhy-Mir-34 Llo-Mir-34 Mgi-Mir-34 Mom-Mir-34 Npo-Mir-34 Obi-Mir-34 Ofu-Mir-34 Ovu-Mir-34 Pau-Mir-34 Pca-Mir-34 Pdu-Mir-34 Pfl-Mir-34 Pmi-Mir-34 Pve-Mir-34 Rph-Mir-34 Sko-Mir-34 Snu-Mir-34 Spu-Mir-34 Tca-Mir-34 Tur-Mir-34 War-Mir-34 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Branchiostoma | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_000003815.2_Bfl_VNyyK_genomic) |
NC_049996.1: 3255952-3256015 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-34-P7) |
Mir-34-P5a
NC_049996.1: 3242823-3242884 [+]
UCSC
Mir-34-P6a NC_049996.1: 3243575-3243631 [+] UCSC Mir-34-P7 NC_049996.1: 3255952-3256015 [+] UCSC |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GGCAGUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UAGUUGAUGUAUUUCUUCUUCUUUGUUCUGUGGCAGUGUAUUUAGCUGGGUAAGGAAGCUUUCAGUCUUUUACCCACUAUAUACACUACCUAUAGAAAUAAGAAGCCUGUCUUCGAACAAUUCAGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 UAGUUGAUGUAUUUCUU-- UG -| C U C GGAAGCU CUUCUU UUCUGU GG AGUGUAU UAG UGGGUAA U GAAGAA AAGAUA CC UCACAUA AUC ACCCAUU U ACUUAACAAGCUUCUGUCC UA U^ A U - UUCUGAC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Bfl-Mir-34-P7_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGGCAGUGUAUUUAGCUGGGUAA -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Bfl-Mir-34-P7_3p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- ACCCACUAUAUACACUACCUAUA -64
Get sequence
|
