| MirGeneDB ID | Ava-Mir-2-o139b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Bdelloid rotifer (Adineta vaga) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ava-Mir-2-o139a Ava-Mir-2-o140a Ava-Mir-2-o140b Ava-Mir-2-o141a Ava-Mir-2-o141b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Gsp-Mir-2 Pca-Mir-2-o139 Ple-Mir-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | A. vaga | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_021613535.1_ASM2161353v1_AVA) |
CP075494.1: 5318243-5318303 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2-o139b-v1) |
Mir-2-o139b-v1
CP075494.1: 5318243-5318303 [-]
Ensembl
Mir-2-o139b-v2 CP075494.1: 5318244-5318302 [-] Ensembl Mir-71-P21 CP075494.1: 5318402-5318464 [-] Ensembl |
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| Variant | Ava-Mir-2-o139b-v1 |
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| Seed | AUCACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAAAUGAAAUCUGUUGUGAAUUGAAACUAUUCCGCCUACUGGUUGUGAUUAUGUACAAAUGAAAUCAUAUCACAGCCAGCUUUGGUGGAAUGGAAAUCACAUGAAUCGACUACGACGAUAUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GAAAUGAAAUCUGUUGUGAAU- AA- UA--| U UACAA UGA CUAUUCCGCC CUGGUUGUGAU AUG A ACU GGUAAGGUGG GACCGACACUA UAC U UAUAGCAGCAUCAGCUAAGUAC AAA UUUC^ - UAAAG . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Ava-Mir-2-o139b-v1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCCGCCUACUGGUUGUGAUUAUG -23
Get sequence
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| Mature sequence | Ava-Mir-2-o139b-v1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UAUCACAGCCAGCUUUGGUGGAAU -61
Get sequence
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| Variant | Ava-Mir-2-o139b-v2 |
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| Seed | CGCCUAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAAUGAAAUCUGUUGUGAAUUGAAACUAUUCCGCCUACUGGUUGUGAUUAUGUACAAAUGAAAUCAUAUCACAGCCAGCUUUGGUGGAAUGGAAAUCACAUGAAUCGACUACGACGAUAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AAAUGAAAUCUGUUGUGAAU- AA- UA--| U UACAA UGA CUAUUCCGCC CUGGUUGUGAU AUG A ACU GGUAAGGUGG GACCGACACUA UAC U AUAGCAGCAUCAGCUAAGUAC AAA UUUC^ - UAAAG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Ava-Mir-2-o139b-v2_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCGCCUACUGGUUGUGAUUAUG -22
Get sequence
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| Star sequence | Ava-Mir-2-o139b-v2_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- UAUCACAGCCAGCUUUGGUGGAA -59
Get sequence
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