| MirGeneDB ID | Agr-Mir-92-o110 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-92 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | West Indian fuzzy chiton (Acanthopleura granulata ) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Agr-Mir-92-o109 Agr-Mir-92-o111 Agr-Mir-92-o112 Agr-Mir-92-o113 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Asu-Mir-92 Cel-Mir-92 Esc-Mir-92 Gsp-Mir-92 Hmi-Mir-92 Isc-Mir-92 Obi-Mir-92 Sme-Mir-92 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | A. granulata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_016165875.1_ASM1616587v1_Acanthopleura_granulata) |
JABBOT010000006.1: 4003172-4003231 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-92-o110) |
Mir-92-o113
JABBOT010000006.1: 4001698-4001754 [-]
Ensembl
Mir-92-o112 JABBOT010000006.1: 4002146-4002204 [-] Ensembl Mir-92-o111 JABBOT010000006.1: 4002356-4002416 [-] Ensembl Mir-92-o110 JABBOT010000006.1: 4003172-4003231 [-] Ensembl Mir-92-o109 JABBOT010000006.1: 4011002-4011063 [-] Ensembl |
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| Seed | AUUGCAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
ACUCUCCUGUGCUUAUGUCUGCUGGUAGGCAGGCCUUGAAAGGUGCAACAUUUUGUGAUAUAAAAUGAAAUUGCACUUGUCCCGGCCUGCCGACCUAAGACAUGGACGACAUGGCCUAUUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 ACUCUCCUGUGCUUAUG---| GCU A UU A AC GUGAU UCU GGU GGCAGGCC GA AGGUGCA AUUUU A AGA CCA CCGUCCGG CU UUCACGU UAAAG U UUAUCCGGUACAGCAGGUAC^ AU- G CC G -- UAAAA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | It is not clear either from phylogenetic or syntenic information how many Mir-92 genes were present in the last common ancestor of bilaterians and how the vertebrate Mir-92s relate to the invertebrate Mir-92s and thus these multiple paralogues in invertebrates are classified here as orphans pending additional data. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Agr-Mir-92-o110_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGGCCUUGAAAGGUGCAACAUUUU -24
Get sequence
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| Mature sequence | Agr-Mir-92-o110_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- AAUUGCACUUGUCCCGGCCUGC -60
Get sequence
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