| MirGeneDB ID | Xtr-Mir-217 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-217 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Tropical clawed frog (Xenopus tropicalis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | xtr-mir-217 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Xtr-Mir-217-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bfl-Mir-217 Bla-Mir-217 Cmi-Mir-217 Gmo-Mir-217 Laf-Mir-217 Lch-Mir-217 Loc-Mir-217 Mal-Mir-217 Mdo-Mir-217 Mmr-Mir-217 Spt-Mir-217 Tni-Mir-217 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Chordata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Chordata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (xenTro9_add) |
chr5: 26048672-26048732 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-217-v2) |
Mir-217-v2
chr5: 26048672-26048732 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-217-v1 chr5: 26048673-26048731 [-] UCSC Ensembl Mir-216-P2b chr5: 26049038-26049099 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Xtr-Mir-217-v2 |
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| Seed | UACUGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGGUGAAAUGCAAUUAUUUUGAUGUUGUAGAUACUGCAUCAGGAACUGAUUGGAUCCCAGGGAGCAGCCAUCAGUUCCUAAUGCACUGCCUUCGGCAUCUAAACAAACAUCAGUCUGUUUAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 AGGUGAAAUGCAAUUAUUUU--| U A C C U AUCCCA GAUGUUG AG UA UGCAU AGGAACUGAU GG G CUACGGC UC GU ACGUA UCCUUGACUA CC G AUUUGUCUGACUACAAACAAAU^ U C C A - GACGAG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Xtr-Mir-217-v2_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0003630 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AUACUGCAUCAGGAACUGAUUGG -23
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: xtr-miR-217 |
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| Star sequence | Xtr-Mir-217-v2_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- AUCAGUUCCUAAUGCACUGCCU -61
Get sequence
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| Variant | Xtr-Mir-217-v1 |
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| Seed | ACUGCAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGUGAAAUGCAAUUAUUUUGAUGUUGUAGAUACUGCAUCAGGAACUGAUUGGAUCCCAGGGAGCAGCCAUCAGUUCCUAAUGCACUGCCUUCGGCAUCUAAACAAACAUCAGUCUGUUUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GGUGAAAUGCAAUUAUUUU--| U A C C U AUCCCA GAUGUUG AG UA UGCAU AGGAACUGAU GG G CUACGGC UC GU ACGUA UCCUUGACUA CC G UUUGUCUGACUACAAACAAAU^ U C C A - GACGAG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Xtr-Mir-217-v1_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0003630 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UACUGCAUCAGGAACUGAUUGGA -23
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: xtr-miR-217 |
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| Star sequence | Xtr-Mir-217-v1_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- CAUCAGUUCCUAAUGCACUGCC -59
Get sequence
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