MirGeneDB ID | Xla-Mir-31-P18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-31 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GGCAAGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | African clawed frog (Xenopus laevis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Xla-Mir-31-P17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-31 Aca-Mir-31 Ami-Mir-31 Asu-Mir-31 Bfl-Mir-31 Bge-Mir-31 Bla-Mir-31 Bpl-Mir-31 Bta-Mir-31 Cbr-Mir-31 Cel-Mir-31 Cfa-Mir-31 Cgi-Mir-31 Cin-Mir-31 Cli-Mir-31 Cmi-Mir-31 Cpi-Mir-31 Cpo-Mir-31 Cte-Mir-31 Dma-Mir-31 Dno-Mir-31 Dpu-Mir-31 Dre-Mir-31 Ebu-Mir-31 Efe-Mir-31 Esc-Mir-31 Ete-Mir-31 Gga-Mir-31 Gmo-Mir-31 Hme-Mir-31 Hsa-Mir-31 Isc-Mir-31 Lch-Mir-31 Lgi-Mir-31 Mal-Mir-31 Mdo-Mir-31 Mml-Mir-31 Mmu-Mir-31 Mun-Mir-31 Npo-Mir-31 Oan-Mir-31 Obi-Mir-31 Ocu-Mir-31 Ovu-Mir-31 Pbv-Mir-31 Pfl-Mir-31 Rno-Mir-31 Sha-Mir-31 Sko-Mir-31 Spt-Mir-31 Spu-Mir-31 Sto-Mir-31 Tca-Mir-31 Tgu-Mir-31 Tni-Mir-31 Xbo-Mir-31 Xtr-Mir-31 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | X. laevis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_001663975.1_XLA_v2) |
NC_030725.1: 98082247-98082304 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UUAAAUCGACCUACAGUAGUACUAGAGAGAAGGCAAGAUUUUGGCAUAGCUGUAGCAUCUGAACCUGUUGUGCCAUCAGAUUGCCAUCUUUCUUGUCUUCCAGCACCAGAGAACUUGUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UUAAAUCGACCUACAGU---| U U A GAUUU UGUAGCA AG AC AGAGAGA GGCAA UGGCAUAGC U UC UG UCUUUCU CCGUU ACCGUGUUG C UGUUCAAGAGACCACGACCU^ - U A AGACU UCCAAGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Xla-Mir-31-P18_5p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGGCAAGAUUUUGGCAUAGCUGU -23
Get sequence
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Star sequence | Xla-Mir-31-P18_3p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
35- UGUUGUGCCAUCAGAUUGCCAUC -58
Get sequence
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