| MirGeneDB ID | Xla-Mir-217-P4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-217 (all species) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African clawed frog (Xenopus laevis) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | xla-mir-217 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Xla-Mir-217-P3-v1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bfl-Mir-217 Bla-Mir-217 Cmi-Mir-217 Gmo-Mir-217 Laf-Mir-217 Lch-Mir-217 Loc-Mir-217 Mal-Mir-217 Mdo-Mir-217 Mmr-Mir-217 Spt-Mir-217 Tni-Mir-217 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | X. laevis | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Chordata | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_001663975.1_XLA_v2) |
NC_030733.1: 27719893-27719951 [+] UCSC Ensembl | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-217-P4-v1) |
Mir-216-P2b4
NC_030733.1: 27719537-27719598 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-217-P4-v2 NC_030733.1: 27719892-27719952 [+] UCSC Ensembl Mir-217-P4-v1 NC_030733.1: 27719893-27719951 [+] UCSC Ensembl |
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| Variant | Xla-Mir-217-P4-v1 |
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| Seed | ACUGCAU | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGCCAAAUUCAAUUAUUUUGAUGUUGUAGAUACUGCAUCAGGAACUGAUUGGAUCCCAGGGAGCAGCCAUCAGUUCCUAAUGCAUUGCCUUCGGCAUCUAAACAAACAUCUUUUUAGGGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GGCCAAAUUCAAUUAUUUU--| U A C C U AUCCCA GAUGUUG AG UA UGCAU AGGAACUGAU GG G CUACGGC UC GU ACGUA UCCUUGACUA CC G GGGAUUUUUCUACAAACAAAU^ U C U A - GACGAG 110 100 90 80 70 60 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Xla-Mir-217-P4-v1_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0046538 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UACUGCAUCAGGAACUGAUUGGA -23
Get sequence
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| Star sequence | Xla-Mir-217-P4-v1_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0046539 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- CAUCAGUUCCUAAUGCAUUGCC -59
Get sequence
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| Variant | Xla-Mir-217-P4-v2 |
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| Seed | UACUGCA | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGGCCAAAUUCAAUUAUUUUGAUGUUGUAGAUACUGCAUCAGGAACUGAUUGGAUCCCAGGGAGCAGCCAUCAGUUCCUAAUGCAUUGCCUUCGGCAUCUAAACAAACAUCUUUUUAGGGCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 AGGCCAAAUUCAAUUAUUUU--| U A C C U AUCCCA GAUGUUG AG UA UGCAU AGGAACUGAU GG G CUACGGC UC GU ACGUA UCCUUGACUA CC G CGGGAUUUUUCUACAAACAAAU^ U C U A - GACGAG . 110 100 90 80 70 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Xla-Mir-217-P4-v2_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0046538 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AUACUGCAUCAGGAACUGAUUGG -23
Get sequence
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| Star sequence | Xla-Mir-217-P4-v2_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0046539 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- AUCAGUUCCUAAUGCAUUGCCU -61
Get sequence
|
