| MirGeneDB ID | Xla-Mir-203-P7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-203 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African clawed frog (Xenopus laevis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Xla-Mir-203-P7-v1 Xla-Mir-203-P8-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Lch-Mir-203 Spt-Mir-203 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | X. laevis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_001663975.1_XLA_v2) |
NC_030739.1: 10666658-10666717 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-203-P7-v2) |
Mir-203-P7-v2
NC_030739.1: 10666658-10666717 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-203-P8-v1 NC_030739.1: 10666658-10666717 [-] UCSC Ensembl Mir-203-P8-v2 NC_030739.1: 10666658-10666717 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Xla-Mir-203-P7-v2 |
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| Seed | GAAAUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGAUCUCGGAGGUUUCUGUCUCCCUGGCUGAGUGGUUCUUAACAGUUCAACAGUUCUCUAUCGAAAUUGUGAAAUGUUUAGGACCACUUGAUUUGGGGGACUCUCUCUUCUAAGGGUGCAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GGAUCUCGGAGGUUUCU--| UG CU U G A GUUCUCU GUCUCCC G GAGUGGUUCU AACA UUCA CA \ CAGGGGG U UUCACCAGGA UUGU AAGU GU A ACGUGGGAAUCUUCUCUCU^ UU AG U A - UAAAGCU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Xla-Mir-203-P7-v2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGUGGUUCUUAACAGUUCAACA -22
Get sequence
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| Mature sequence | Xla-Mir-203-P7-v2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UGAAAUGUUUAGGACCACUUG -60
Get sequence
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| Variant | Xla-Mir-203-P7-v1 |
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| Seed | UGAAAUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GUGCCUCACACAUUUCUGUCUCCCUGGCCAAGUGGUUCUUAACAGUUCAACAGUUCUCUAUCGAAAUUGUGAAAUGUUUAGGACCACUUGAUCCGGGGGAUUCGCUCUGCCAGGCGUCACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GUGCCUCACACAUUUCU--| U GC U G A UUCUCU GUCUCCC G CAAGUGGUUCU AACA UUCA CAG \ UAGGGGG C GUUCACCAGGA UUGU AAGU GUU A CACUGCGGACCGUCUCGCU^ C UA U A - AAAGCU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Xla-Mir-203-P7-v1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGUGGUUCUUAACAGUUCAACAG -23
Get sequence
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| Mature sequence | Xla-Mir-203-P7-v1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- GUGAAAUGUUUAGGACCACUUG -60
Get sequence
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