MirGeneDB ID | Tur-Mir-7-P28 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-7 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Two-spotted spider mite (Tetranychus urticae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | tur-mir-7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Tur-Mir-7-P29 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-7 Aga-Mir-7 Agr-Mir-7 Asu-Mir-7 Bfl-Mir-7 Bge-Mir-7 Bla-Mir-7 Cin-Mir-7 Cte-Mir-7 Dan-Mir-7 Dlo-Mir-7 Dma-Mir-7 Dme-Mir-7 Dmo-Mir-7 Dsi-Mir-7 Dya-Mir-7 Eba-Mir-7 Esc-Mir-7 Gpa-Mir-7 Gsa-Mir-7 Gsp-Mir-7 Hme-Mir-7 Hmi-Mir-7 Hru-Mir-7 Isc-Mir-7 Lan-Mir-7 Lgi-Mir-7 Llo-Mir-7 Lpo-Mir-7 Mgi-Mir-7 Mom-Mir-7 Npo-Mir-7 Obi-Mir-7 Ofu-Mir-7 Ovu-Mir-7 Pau-Mir-7 Pca-Mir-7 Pcr-Mir-7 Pdu-Mir-7 Pfl-Mir-7 Pmi-Mir-7 Pve-Mir-7 Rph-Mir-7 Sko-Mir-7 Sne-Mir-7 Snu-Mir-7 Spu-Mir-7 Sro-Mir-7 Tca-Mir-7 War-Mir-7 Xbo-Mir-7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | T. urticae | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_000239435.1_ASM23943v1_genomic_TUR_traces) |
HE587302.1: 1216514-1216576 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GGAAGAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCACAAUUGCCACAAUUACCAAUCUCCUUGUGGAAGACUAGUGAUUUUGUUGUUUGUCUGUUAGUAAUUAAACAAGAAAUCGCUAGCUUCCGAUGGAGAAUUGGAAAUAAAUCAUCAAUCUAAGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 UCACAAUUGCCACAAUUA- -| UUG A G UGUCUGU CCAA UCUCC UGGAAG CUAGUGAUUUU UUGUU U GGUU AGAGG GCCUUC GAUCGCUAAAG AACAA A AAUCUAACUACUAAAUAAA A^ UA- - - AUUAAUG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Tur-Mir-7-P28_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0023036 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGGAAGACUAGUGAUUUUGUUGUU -24
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Tur-Mir-7-P28_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0023037 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
42- CAAGAAAUCGCUAGCUUCCGA -63
Get sequence
|