| MirGeneDB ID | Tni-Mir-724-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-724 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Pufferfish (Tetraodon nigroviridis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Tni-Mir-724-P2-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Dre-Mir-724-P1-v1 Gmo-Mir-724-P1-v1 Mal-Mir-724-P1-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Neopterygii | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Tetraodon_nigroviridis.TETRAODON8.dna.toplevel) |
9: 3122558-3122618 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-724-P1-v1) |
Mir-724-P1-v1
9: 3122558-3122618 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-724-P1-v2 9: 3122559-3122617 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Tni-Mir-724-P1-v1 |
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| Seed | UAAAGGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGUUCAUCACUGACCCCCAGCAGACUGGGUUUAAAGGGAAUUUGCGACUGUUAAUCAAAAUAUUUGAACAGCCACACCUUCCUUUUAAGAUCUUGUCUGCUGCUCUGCACUGCUGGACUGUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UGUUCAUCACUGACCCC-- U -| UU CGA AAUCAA CAGCAGAC GGGUU UAAAGGGAA UG CUGUU A GUCGUCUG UCUAG AUUUUCCUU AC GACAA A UGUCAGGUCGUCACGUCUC U A^ CC ACC GUUUAU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Tni-Mir-724-P1-v1_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUAAAGGGAAUUUGCGACUGUU -22
Get sequence
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| Star sequence | Tni-Mir-724-P1-v1_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- CAGCCACACCUUCCUUUUAAGAU -61
Get sequence
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| Variant | Tni-Mir-724-P1-v2 |
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| Seed | AAAGGGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GUUCAUCACUGACCCCCAGCAGACUGGGUUUAAAGGGAAUUUGCGACUGUUAAUCAAAAUAUUUGAACAGCCACACCUUCCUUUUAAGAUCUUGUCUGCUGCUCUGCACUGCUGGACUGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GUUCAUCACUGACCCCC-- U -| UU CGA AAUCAA AGCAGAC GGGUU UAAAGGGAA UG CUGUU A UCGUCUG UCUAG AUUUUCCUU AC GACAA A GUCAGGUCGUCACGUCUCG U A^ CC ACC GUUUAU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Tni-Mir-724-P1-v2_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAAAGGGAAUUUGCGACUGUUA -22
Get sequence
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| Star sequence | Tni-Mir-724-P1-v2_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- ACAGCCACACCUUCCUUUUAAGA -59
Get sequence
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