| MirGeneDB ID | Mal-Mir-724-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-724 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Asian swamp eel (Monopterus albus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mal-Mir-724-P2-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Dre-Mir-724-P1-v1 Gmo-Mir-724-P1-v1 Tni-Mir-724-P1-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Neopterygii | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_001952655.1_M_albus_1.0_genomic) |
KV884694.1: 3474428-3474488 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-724-P1-v1) |
Mir-724-P1-v1
KV884694.1: 3474428-3474488 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-724-P1-v2 KV884694.1: 3474429-3474487 [+] UCSC Ensembl |
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| Variant | Mal-Mir-724-P1-v1 |
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| Seed | UAAAGGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CACAGUGCUCUGACCCCCAGCAGACUGGGUUUAAAGGGAAUUUGCGACUGUUAAUCAAACCAUUCGAACAGCCACACCUUCCUUUUAAGAUCUUGUCUGCUGCUCUGCGCUGCUCAGCUGAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CACAGUGCUCUGACCCC-- U -| UU CGA AAUCAA CAGCAGAC GGGUU UAAAGGGAA UG CUGUU A GUCGUCUG UCUAG AUUUUCCUU AC GACAA C AGUCGACUCGUCGCGUCUC U A^ CC ACC GCUUAC . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Mal-Mir-724-P1-v1_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UUAAAGGGAAUUUGCGACUGUU -22
Get sequence
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| Star sequence | Mal-Mir-724-P1-v1_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- CAGCCACACCUUCCUUUUAAGAU -61
Get sequence
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| Variant | Mal-Mir-724-P1-v2 |
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| Seed | AAAGGGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
ACAGUGCUCUGACCCCCAGCAGACUGGGUUUAAAGGGAAUUUGCGACUGUUAAUCAAACCAUUCGAACAGCCACACCUUCCUUUUAAGAUCUUGUCUGCUGCUCUGCGCUGCUCAGCUGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 ACAGUGCUCUGACCCCC-- U -| UU CGA AAUCAA AGCAGAC GGGUU UAAAGGGAA UG CUGUU A UCGUCUG UCUAG AUUUUCCUU AC GACAA C GUCGACUCGUCGCGUCUCG U A^ CC ACC GCUUAC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Mal-Mir-724-P1-v2_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAAAGGGAAUUUGCGACUGUUA -22
Get sequence
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| Star sequence | Mal-Mir-724-P1-v2_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- ACAGCCACACCUUCCUUUUAAGA -59
Get sequence
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