| MirGeneDB ID | Tni-Mir-142-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-142 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Pufferfish (Tetraodon nigroviridis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | tni-mir-142b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Tni-Mir-142-P2-v1 Tni-Mir-142-P4-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-142-P4-v1 Ami-Mir-142-P4-v1 Cpi-Mir-142-P4-v1 Dre-Mir-142-P4-v1 Gja-Mir-142-P4-v1 Gmo-Mir-142-P4-v1 Lch-Mir-142-P4 Mal-Mir-142-P4-v1 Mun-Mir-142-P4 Pbv-Mir-142-P4-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Tetraodon_nigroviridis.TETRAODON8.dna.toplevel) |
16: 3999098-3999161 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-142-P4-v4) |
Mir-142-P4-v4
16: 3999098-3999161 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-142-P4-v1 16: 3999100-3999159 [+] UCSC Ensembl Mir-142-P4-v2 16: 3999100-3999159 [+] UCSC Ensembl Mir-142-P4-v3 16: 3999100-3999159 [+] UCSC Ensembl |
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| Variant | Tni-Mir-142-P4-v4 |
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| Seed | CCAUAAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
ACCAGAACCUUCUGAUGUACAGUGCUGUCACCCAUAAAGUAGAAAGCACUACUAAACGUCUUUACACAGUGUAGUGUUUCCUACUUUAUGGAUGAGUGCACUGUUGGCCGCGGAGAAACUCAACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 ACCAGAACCUUCUGAUGU--| UG C A UAAACGUC ACAGUGC UCA CCAUAAAGUAG AAGCACUAC U UGUCACG AGU GGUAUUUCAUC UUUGUGAUG U CAACUCAAAGAGGCGCCGGU^ UG A C UGACACAU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Tni-Mir-142-P4-v4_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0002946 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCCAUAAAGUAGAAAGCACUAC -22
Get sequence
|
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| Star sequence | Tni-Mir-142-P4-v4_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
42- AGUGUUUCCUACUUUAUGGAUG -64
Get sequence
|
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| Variant | Tni-Mir-142-P4-v1 |
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| Seed | AUAAAGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAGAACCUUCUGAUGUACAGUGCUGUCACCCAUAAAGUAGAAAGCACUACUAAACGUCUUUACACAGUGUAGUGUUUCCUACUUUAUGGAUGAGUGCACUGUUGGCCGCGGAGAAACUCAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CAGAACCUUCUGAUGUA--| UG C A UAAACGUC CAGUGC UCA CCAUAAAGUAG AAGCACUAC U GUCACG AGU GGUAUUUCAUC UUUGUGAUG U ACUCAAAGAGGCGCCGGUU^ UG A C UGACACAU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Tni-Mir-142-P4-v1_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0002946 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAUAAAGUAGAAAGCACUACU -21
Get sequence
|
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| Star sequence | Tni-Mir-142-P4-v1_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UAGUGUUUCCUACUUUAUGGA -60
Get sequence
|
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| Variant | Tni-Mir-142-P4-v2 |
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| Seed | AUAAAGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAGAACCUUCUGAUGUACAGUGCUGUCACCCAUAAAGUAGAAAGCACUACUAAACGUCUUUACACAGUGUAGUGUUUCCUACUUUAUGGAUGAGUGCACUGUUGGCCGCGGAGAAACUCAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CAGAACCUUCUGAUGUA--| UG C A UAAACGUC CAGUGC UCA CCAUAAAGUAG AAGCACUAC U GUCACG AGU GGUAUUUCAUC UUUGUGAUG U ACUCAAAGAGGCGCCGGUU^ UG A C UGACACAU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Tni-Mir-142-P4-v2_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0002946 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAUAAAGUAGAAAGCACUACUA -22
Get sequence
|
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| Co-mature sequence | Tni-Mir-142-P4-v2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- GUAGUGUUUCCUACUUUAUGGA -60
Get sequence
|
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| Variant | Tni-Mir-142-P4-v3 |
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| Seed | GUAGUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAGAACCUUCUGAUGUACAGUGCUGUCACCCAUAAAGUAGAAAGCACUACUAAACGUCUUUACACAGUGUAGUGUUUCCUACUUUAUGGAUGAGUGCACUGUUGGCCGCGGAGAAACUCAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CAGAACCUUCUGAUGUA--| UG C A UAAACGUC CAGUGC UCA CCAUAAAGUAG AAGCACUAC U GUCACG AGU GGUAUUUCAUC UUUGUGAUG U ACUCAAAGAGGCGCCGGUU^ UG A C UGACACAU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Tni-Mir-142-P4-v3_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0002946 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAUAAAGUAGAAAGCACUACUAA -23
Get sequence
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| Mature sequence | Tni-Mir-142-P4-v3_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UGUAGUGUUUCCUACUUUAUGGA -60
Get sequence
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