MirGeneDB ID | Snu-Mir-1996 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-1996 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Peanut worm (Sipunculus nudus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Cte-Mir-1996 Cte-Mir-1996-as Dgr-Mir-1996 Efe-Mir-1996-P1 Efe-Mir-1996-P2 Efe-Mir-1996-P3 Pdu-Mir-1996-o1 Pdu-Mir-1996-o2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Sipuncula + Pleistoannelida | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Sipuncula + Pleistoannelida | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_026874595.1_ASM2687459v1_Sipunculus_nudus) |
CM049318.1: 59085298-59085356 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UCAAGUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GUCAUAUAAACGUUACUGUGAGUGGCCAGGAUCAAGUGAGGUCAGUGCUGCUGUGUGUAAGAUUCAGGAGUACUGGUCUCAAGUGAUCCCGUCCUACUCAUCUGACGACUUAGUUCAAUGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 GUCAUAUAAACGUUACU- CCA-| AG GU G GUGUGU GUGAGUGG GGAUCA UGAG CAGUGCU CU \ UACUCAUC CCUAGU ACUC GUCAUGA GA A UAACUUGAUUCAGCAGUC CUGC^ GA UG G CUUAGA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Snu-Mir-1996_5p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AUCAAGUGAGGUCAGUGCUGCU -22
Get sequence
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Star sequence | Snu-Mir-1996_3p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- GAGUACUGGUCUCAAGUGAUCC -59
Get sequence
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