| MirGeneDB ID | Sha-Mir-7373-o2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-7373 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Tasmanian devil (Sarcophilus harrisii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Sha-Mir-7373-o1 Sha-Mir-7373-o3 Sha-Mir-7373-o4 Sha-Mir-7373-o5 Sha-Mir-7373-o6 Sha-Mir-7373-o7 Sha-Mir-7373-o8a Sha-Mir-7373-o8b Sha-Mir-7373-o8c Sha-Mir-7373-o8d1 Sha-Mir-7373-o8d2 Sha-Mir-7373-o8e Sha-Mir-7373-o8f Sha-Mir-7373-o8g Sha-Mir-7373-o8h Sha-Mir-7373-o8i Sha-Mir-7373-o8j Sha-Mir-7373-o9a Sha-Mir-7373-o9b Sha-Mir-7373-o9c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Mdo-Mir-7373-P2 Neu-Mir-7373 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | S. harrisii | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Marsupialia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (DEVIL_add) |
GL867601.1: 2090784-2090838 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-7373-o2) |
Mir-7373-o5
GL867601.1: 2074961-2075015 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-7373-o1 GL867601.1: 2076373-2076427 [-] UCSC Ensembl Mir-7373-o6 GL867601.1: 2080157-2080212 [-] UCSC Ensembl Mir-7373-o9b GL867601.1: 2081002-2081059 [-] UCSC Ensembl Mir-7373-o9a GL867601.1: 2081577-2081634 [-] UCSC Ensembl Mir-7373-o4 GL867601.1: 2081864-2081918 [-] UCSC Ensembl Mir-7373-o9c GL867601.1: 2082143-2082200 [-] UCSC Ensembl Mir-7373-o8a GL867601.1: 2083689-2083746 [-] UCSC Ensembl Mir-7373-o8b GL867601.1: 2083966-2084023 [-] UCSC Ensembl Mir-7373-o8c GL867601.1: 2084243-2084300 [-] UCSC Ensembl Mir-7373-o8d2 GL867601.1: 2084520-2084577 [-] UCSC Ensembl Mir-7373-o8e GL867601.1: 2085084-2085141 [-] UCSC Ensembl Mir-7373-o8d1 GL867601.1: 2085658-2085715 [-] UCSC Ensembl Mir-7373-o8f GL867601.1: 2085945-2086002 [-] UCSC Ensembl Mir-7373-o8g GL867601.1: 2086234-2086291 [-] UCSC Ensembl Mir-7373-o8h GL867601.1: 2086519-2086576 [-] UCSC Ensembl Mir-7373-o8i GL867601.1: 2086804-2086861 [-] UCSC Ensembl Mir-7373-o8j GL867601.1: 2087091-2087148 [-] UCSC Ensembl Mir-7373-o7 GL867601.1: 2089434-2089488 [-] UCSC Ensembl Mir-7373-o2 GL867601.1: 2090784-2090838 [-] UCSC Ensembl Mir-7373-o3 GL867601.1: 2091074-2091128 [-] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CAGCUAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAAGGAAGACUCCCAAGGUGAUGGCAGGGCAAGCCCUUCUGUUAGUAGUUGAGUUAUCUUACUCAGCUACGAAUGAAGGGCGUGCUUCUUCAUCUCAACGUACAGCAUCCUUCAAGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 AAAGGAAGACUCCCAAGGU--| CA A UGUUA UA GAUGG GGGCA GCCCUUC GUAGUUGAGU U CUACU UUCGU CGGGAAG CAUCGACUCA C AACUUCCUACGACAUGCAACU^ UC G UAAG- UU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Sha-Mir-7373-o2_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AAGCCCUUCUGUUAGUAGUUGAGU -24
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Sha-Mir-7373-o2_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
32- UCAGCUACGAAUGAAGGGCGUGC -55
Get sequence
|
