MirGeneDB ID | Rno-Mir-582 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-582 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Norway rat (Rattus norvegicus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | rno-mir-582 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Rno-Mir-582-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Cja-Mir-582 Eca-Mir-582 Ocu-Mir-582 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (rn6) |
chr2: 40863760-40863817 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-582-v2) |
Mir-582-v1
chr2: 40863759-40863818 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-582-v2 chr2: 40863760-40863817 [+] UCSC Ensembl |
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Variant | Rno-Mir-582-v2 |
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Seed | AACCUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAAUCUCCCUAGUAAUCUGUACUCUUUGGAUACAGUUGUUCAACCAGUUACUAAUCUAACUAAUUGUAACCUGUUGAACAACUGAACCCAAAGGGUGCAAAGUUGGAAACAUUUCAUUGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 CAAUCUCCCUAGUAAUC--| AUA CA UAAUCU UGUACUCUUUGG CAGUUGUUCAAC GUUAC A ACGUGGGAAACC GUCAACAAGUUG CAAUG A UUACUUUACAAAGGUUGAA^ CAA UC UUAAUC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Rno-Mir-582-v2_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0012833 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UACAGUUGUUCAACCAGUUACUA -23
Get sequence
|
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0012833 TargetScanVert: rno-miR-582-5p miRDB: MIMAT0012833 |
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Mature sequence | Rno-Mir-582-v2_3p |
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mirBase accession | MIMAT0017360 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- UAACCUGUUGAACAACUGAACC -58
Get sequence
|
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Proposed targets |
TargetScanVert: rno-miR-582-3p miRDB: MIMAT0017360 |
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Variant | Rno-Mir-582-v1 |
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Seed | ACCUGUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCAAUCUCCCUAGUAAUCUGUACUCUUUGGAUACAGUUGUUCAACCAGUUACUAAUCUAACUAAUUGUAACCUGUUGAACAACUGAACCCAAAGGGUGCAAAGUUGGAAACAUUUCAUUGGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 CCAAUCUCCCUAGUAAUC--| AUA CA UAAUCU UGUACUCUUUGG CAGUUGUUCAAC GUUAC A ACGUGGGAAACC GUCAACAAGUUG CAAUG A GUUACUUUACAAAGGUUGAA^ CAA UC UUAAUC . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Rno-Mir-582-v1_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0012833 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AUACAGUUGUUCAACCAGUUACU -23
Get sequence
|
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0012833 TargetScanVert: rno-miR-582-5p miRDB: MIMAT0012833 |
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Mature sequence | Rno-Mir-582-v1_3p |
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mirBase accession | MIMAT0017360 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- AACCUGUUGAACAACUGAACCC -60
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: rno-miR-582-3p miRDB: MIMAT0017360 |