MirGeneDB ID | Pma-Mir-128-o3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-128 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Sea Lamprey (Petromyzon marinus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Pma-Mir-128-o1 Pma-Mir-128-o2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Cmi-Mir-128-P3 Ebu-Mir-128 Lch-Mir-128-P3 Sto-Mir-128-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | P. marinus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_010993605.1_kPetMar1.pri_genomic) |
NC_046124.1: 3847691-3847753 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CACAGUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCCCCCCCCCCCCCCCCGUGCCUCCGGGGCAGGGGGCCGUGCCACUGUCUGUGAGUGUGUGUUGCUUCCUCUCACAGUGAACCGGUCUCUUUCCCCGGCACCACACUCUCGUCCAAAGGUCGCGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 60 CCCCCCCCCCCCCCCCC--| CCU C UGC CU U GUGUGUG GUG CCGGGG AGGGGGCCG CACUGU G GA \ CAC GGCCCC UUCUCUGGC GUGACA C CU U CGCUGGAAACCUGCUCUCA^ CAC U CAA -- U CCUUCGU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Pma-Mir-128-o3_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGGGGGCCGUGCCACUGUCUGUGA -24
Get sequence
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Mature sequence | Pma-Mir-128-o3_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
41- UCACAGUGAACCGGUCUCUUUC -63
Get sequence
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