| MirGeneDB ID | Pca-Mir-92-o96 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-92 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Penis worm (Priapulus caudatus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Pca-Mir-92-o97 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Asu-Mir-92 Cel-Mir-92 Esc-Mir-92 Gsp-Mir-92 Hmi-Mir-92 Isc-Mir-92 Obi-Mir-92 Sme-Mir-92 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | P. caudatus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Priapulus_caudatus_gca000485595v2) |
KQ716014.1: 7152-7210 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-92-o96) |
Mir-92-o96
KQ716014.1: 7152-7210 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-279-o30 KQ716014.1: 16868-16927 [-] UCSC Ensembl Mir-279-o29 KQ716014.1: 17538-17596 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | AUUGCAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CACGAUUGGUGAUAACUUUCGAGGCUGUGUAGGUCGGUACUUGUGCCAAUUUGUUUUCAGCUGUUCAAAUUGCACUCGUCCCGGCCUGUUCAAUCCUCAAUGUUGCAGCGUGCAUCAGAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CACGAUUGGUGAUAACUUUC- C-| UG U UU C UUUUC GAGG UG UAGGUCGG AC GUGC AAUUUG A CUCC AC GUCCGGCC UG CACG UUAAAC G AGACUACGUGCGACGUUGUAA UA^ UU C CU - UUGUC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | It is not clear either from phylogenetic or syntenic information how many Mir-92 genes were present in the last common ancestor of bilaterians and how the vertebrate Mir-92s relate to the invertebrate Mir-92s and thus these multiple paralogues in invertebrates are classified here as orphans pending additional data. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Pca-Mir-92-o96_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGGUCGGUACUUGUGCCAAUUUG -23
Get sequence
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| Mature sequence | Pca-Mir-92-o96_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- AAUUGCACUCGUCCCGGCCUGU -59
Get sequence
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