| MirGeneDB ID | Pbv-Mir-430-o38 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-430 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Burmese python (Python bivittatus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Pbv-Mir-430-o36 Pbv-Mir-430-o37 Pbv-Mir-430-o39 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Hsa-Mir-430-P38 Mml-Mir-430-P38 Pab-Mir-430-P38 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | P. bivittatus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_000186305.2_Python_molurus_bivittatus) |
KE954489.1: 53677-53737 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-430-o38) |
Mir-430-o36
KE954489.1: 53193-53254 [+]
Mir-430-o37 KE954489.1: 53544-53603 [+] Mir-430-o38 KE954489.1: 53677-53737 [+] Mir-430-o39 KE954489.1: 53802-53862 [+] |
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| Seed | AAGUGCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUUUUCCAGUGUCCACAGUUCCUGGAGGCAACUUCACCAGGAGUUCUUCUGUGUCAUAACGUGUGCUCCUAAGUGCUCCGUGAUGAAGUGUUUCUGGGAGGCUCAGACAUCCAUUUUGGGCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UUUUUCCAGUGUCCACAG---| UG A C - U CUGUGUCAUA UUCC GAGGCA CUUCA CA GGAGU CUU A GAGG CUUUGU GAAGU GU CCUCG GAA C CGGGUUUUACCUACAGACUCG^ GU - A G U UCCUCGUGUG . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Pbv-Mir-430-o38_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACUUCACCAGGAGUUCUUCUG -21
Get sequence
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| Mature sequence | Pbv-Mir-430-o38_3p (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UAAGUGCUCCGUGAUGAAGUGU -61
Get sequence
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