| MirGeneDB ID | Pbv-Mir-430-o36 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-430 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Burmese python (Python bivittatus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Pbv-Mir-430-o37 Pbv-Mir-430-o38 Pbv-Mir-430-o39 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Cmi-Mir-430-o36 Hsa-Mir-430-P36 Mml-Mir-430-P36a1 Mml-Mir-430-P36a2 Mml-Mir-430-P36b Mml-Mir-430-P36c Pab-Mir-430-P36 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | P. bivittatus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_000186305.2_Python_molurus_bivittatus) |
KE954489.1: 53193-53254 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-430-o36) |
Mir-430-o36
KE954489.1: 53193-53254 [+]
Mir-430-o37 KE954489.1: 53544-53603 [+] Mir-430-o38 KE954489.1: 53677-53737 [+] Mir-430-o39 KE954489.1: 53802-53862 [+] |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AAGUGCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AUCUUGACCAAAAGCGGCCUCCUGAAGCCCACGCAGACAGUGGCACUUUCUUGUAGUAAUAAAUUCAAUUAAGUGCUAUAUUGUUUGUGUGGGAUUUGGGCCUGGCGGAGCAACAAGUCUUUGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 AUCUUGACCAAAAGCGGCCU-- UG G --| UCUUGUAGUA CC AA CCCACGCAGACA GUGGCACUU A GG UU GGGUGUGUUUGU UAUCGUGAA U UUUCUGAACAACGAGGCGGUCC GU A UA^ UUAACUUAAA 120 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Pbv-Mir-430-o36_5p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACGCAGACAGUGGCACUUUCU -21
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Pbv-Mir-430-o36_3p (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UAAGUGCUAUAUUGUUUGUGUGG -62
Get sequence
|
