| MirGeneDB ID | Pab-Mir-1343 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-1343 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Sumatran orangutan (Pongo abelii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-1343 Cfa-Mir-1343 Cja-Mir-1343 Cpo-Mir-1343 Dno-Mir-1343 Eca-Mir-1343 Hsa-Mir-1343 Laf-Mir-1343 Ocu-Mir-1343 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_028885655.2_NHGRI_mPonAbe1-v2.0_traces) |
CM054688.2: 32281135-32281193 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UCCUGGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGAACAGGACGAUGAUGCUGGCGUCGGUGCUGGGGAGCGGCCCCCGGGCGGGCCUCUGCUCUGGCCCCUCCUGGGGCCCGCACUCUCGCUCCGGGCCCGCUCCACUUCUGCCACUGACAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GGAACAGGACGAUGAUGCU---| G U U A C C CCUCUG GGC UCGG GC GGGG GCGG CCCCGGG GGG \ CCG GGCC CG UCUC CGCC GGGGUCC CCC C ACAGUCACCGUCUUCACCUCGC^ - U C A C U CGGUCU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Pab-Mir-1343_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGGGGAGCGGCCCCCGGGCGGG -22
Get sequence
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| Mature sequence | Pab-Mir-1343_3p (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- CUCCUGGGGCCCGCACUCUCGC -59
Get sequence
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