| MirGeneDB ID | Ocu-Mir-935 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-935 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Rabbit (Oryctolagus cuniculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-935-v1 Cfa-Mir-935-v1 Cja-Mir-935 Dno-Mir-935-v1 Eca-Mir-935-v1 Hsa-Mir-935-v1 Mml-Mir-935-v1 Mmr-Mir-935 Mmu-Mir-935-v1 Pab-Mir-935 Rno-Mir-935-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (oryCun2_add) |
VIYN01003915.1: 22406-22465 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-935-v1) |
Mir-935-v1
VIYN01003915.1: 22406-22465 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-935-v2 VIYN01003915.1: 22406-22465 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Ocu-Mir-935-v1 |
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| Seed | AGUUACC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUGCUCAAGGCCGGCGGGGGCGCGGGCGGCAGUGGCGGGAGCGGCCCCUCGGCCAUCCUCCGUCUGCCCAGUUACCGCUUCCGCUACCGCCGCCGCUCCCGCUCUAGCUCCCGCUCCAGCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CUGCUCAAGGCCGGCGG---| C G A CCC C CCAUCC GGG GCGG CGGC GUGGCGGGAGCGG CU GG U CCC CGCC GCCG CAUCGCCUUCGCC GA CC C CGACCUCGCCCUCGAUCUCG^ U - C AUU C GUCUGC . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | Not in assembly but in trace archive. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Ocu-Mir-935-v1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGUGGCGGGAGCGGCCCCUCGG -22
Get sequence
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| Mature sequence | Ocu-Mir-935-v1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- CAGUUACCGCUUCCGCUACCGC -60
Get sequence
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| Variant | Ocu-Mir-935-v2 |
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| Seed | CAGUUAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUGCUCAAGGCCGGCGGGGGCGCGGGCGGCAGUGGCGGGAGCGGCCCCUCGGCCAUCCUCCGUCUGCCCAGUUACCGCUUCCGCUACCGCCGCCGCUCCCGCUCUAGCUCCCGCUCCAGCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CUGCUCAAGGCCGGCGG---| C G A CCC C CAUCC GGG GCGG CGGC GUGGCGGGAGCGG CU GGC U CCC CGCC GCCG CAUCGCCUUCGCC GA CCG C CGACCUCGCCCUCGAUCUCG^ U - C AUU C UCUGC . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | Not in assembly but in trace archive. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Ocu-Mir-935-v2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGUGGCGGGAGCGGCCCCUCGGC -23
Get sequence
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| Mature sequence | Ocu-Mir-935-v2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- CCAGUUACCGCUUCCGCUACCGC -60
Get sequence
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