| MirGeneDB ID | Mml-Mir-935 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-935 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Rhesus monkey (Macaca mulatta) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-935-v1 Cfa-Mir-935-v1 Cja-Mir-935 Dno-Mir-935-v1 Eca-Mir-935-v1 Hsa-Mir-935-v1 Mmr-Mir-935 Mmu-Mir-935-v1 Ocu-Mir-935-v1 Pab-Mir-935 Rno-Mir-935-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_003339765.3_Mmul_10_traces) |
CM014354.1: 53736775-53736834 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-935-v1) |
Mir-935-v1
CM014354.1: 53736775-53736834 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-935-v2 CM014354.1: 53736775-53736834 [+] UCSC Ensembl |
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| Variant | Mml-Mir-935-v1 |
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| Seed | AGUUACC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUGCUCAAGGCCGGCGGGGGCGCGGGCGGCAGUGGCGGGAGCGGCCCCUCGGCCAUCCUCCGUCUGCCCAGUUACCGCUUCCGCUACCGCCGCCGCUCCCGCUCUAGCUCCCGCUCCAGCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CUGCUCAAGGCCGGCGG---| C G A CCC C CCAUCC GGG GCGG CGGC GUGGCGGGAGCGG CU GG U CCC CGCC GCCG CAUCGCCUUCGCC GA CC C CGACCUCGCCCUCGAUCUCG^ U - C AUU C GUCUGC . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Mml-Mir-935-v1_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGUGGCGGGAGCGGCCCCUCGG -22
Get sequence
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| Mature sequence | Mml-Mir-935-v1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- CAGUUACCGCUUCCGCUACCGC -60
Get sequence
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| Variant | Mml-Mir-935-v2 |
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| Seed | CAGUUAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUGCUCAAGGCCGGCGGGGGCGCGGGCGGCAGUGGCGGGAGCGGCCCCUCGGCCAUCCUCCGUCUGCCCAGUUACCGCUUCCGCUACCGCCGCCGCUCCCGCUCUAGCUCCCGCUCCAGCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CUGCUCAAGGCCGGCGG---| C G A CCC C CAUCC GGG GCGG CGGC GUGGCGGGAGCGG CU GGC U CCC CGCC GCCG CAUCGCCUUCGCC GA CCG C CGACCUCGCCCUCGAUCUCG^ U - C AUU C UCUGC . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Mml-Mir-935-v2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGUGGCGGGAGCGGCCCCUCGGC -23
Get sequence
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| Mature sequence | Mml-Mir-935-v2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- CCAGUUACCGCUUCCGCUACCGC -60
Get sequence
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