MirGeneDB ID | Ocu-Mir-590 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-590 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Rabbit (Oryctolagus cuniculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | ocu-mir-590 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-590 Cfa-Mir-590 Dno-Mir-590 Eca-Mir-590 Hsa-Mir-590 Mml-Mir-590 Mmr-Mir-590 Oan-Mir-590 Pab-Mir-590 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Mammalia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Mammalia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (oryCun2_add) |
chrUn0067: 577872-577932 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CGUUUUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAGUGUAGCAGUCCUAAGCCAGUCGGAAAUGAGCUUAUUCAUAAAAGUGCAGUACGAGCCGGUGAGCCUGUCGUUUUAUGUAUAAGCUCGUCUCUGAUGGAAACCUGCCGCGACGUCUCCGGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 AAGUGUAGCAGUCCUAAG---| G A U GU UACGAGC CCA UCGGA AUGAGCUUAU CAUAAAA GCAG \ GGU AGUCU UGCUCGAAUA GUAUUUU UGUC C GCCUCUGCAGCGCCGUCCAAA^ - C U GC CGAGUGG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Ocu-Mir-590_5p* (predicted) |
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mirBase accession | MIMAT0048535 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GAGCUUAUUCAUAAAAGUGCAG -22
Get sequence
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Mature sequence | Ocu-Mir-590_3p |
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mirBase accession | MIMAT0048536 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
40- UCGUUUUAUGUAUAAGCUCGU -61
Get sequence
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